PDB-1ie6: SOLUTION STRUCTURE OF IMPERATOXIN A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ie6

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF IMPERATOXIN A

要素

IMPERATOXIN A

キーワード

TOXIN / Triple stranded antiparellel beta-sheet / inhibitory cystine knot

機能・相同性

Scorpion calcine / Scorpion calcine family / Scorpion calcine family signature. / calcium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Imperacalcin

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Lee, C.W. / Takeuchi, K. / Takahashi, H. / Sato, K. / Shimada, I. / Kim, D.H. / Kim, J.I.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Molecular basis of the high-affinity activation of type 1 ryanodine receptors by imperatoxin A.
著者: Lee, C.W. / Lee, E.H. / Takeuchi, K. / Takahashi, H. / Shimada, I. / Sato, K. / Shin, S.Y. / Kim, D.H. / Kim, J.I.

履歴

登録	2001年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE The sequence of this protein was published in a journal (Zamudio, F. Z., et al. 1997, FEBS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ie6.cif.gz	205.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ie6.ent.gz	170 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ie6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ie6_validation.pdf.gz	344.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ie6_full_validation.pdf.gz	485.6 KB	表示
XML形式データ	1ie6_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	1ie6_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/1ie6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/1ie6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1liq-d 1mpz-d 6chc-d 2msf-d 2idh-3 1hp2-d 1ha9-d 1ib9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IMPERATOXIN A

3.78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	The submitted conformer models are those with the lowest energy and the least restraint violations.
代表モデル	モデル #11	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	IMPERATOXIN A / PEPTIDE NEUROTOXIN / RYANODINE RECEPTOR ACTIVATOR 分子量: 3776.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. This sequence occurs naturally in the venom of scorpion Pandinus imperator. 参照: UniProt: P59868
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	E-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 5mM Imperatoxin A; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.4 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3	Bruker	collection
XwinNMR	3	Bruker	解析
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 519 restraints, 473 are NOE-derived distance constraints, 25 dihedral angle restraints, 12 distance restraints from hydrogen bonds, and 9 distance ...

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are those with the lowest energy and the least restraint violations.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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