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万見
- PDB-1ids: X-RAY STRUCTURE ANALYSIS OF THE IRON-DEPENDENT SUPEROXIDE DISMUTA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ids
タイトルX-RAY STRUCTURE ANALYSIS OF THE IRON-DEPENDENT SUPEROXIDE DISMUTASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTIONS REVEALS NOVEL DIMER-DIMER INTERACTIONS
要素IRON SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードSUPEROXIDE DISMUTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / detoxification / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / manganese ion binding / response to oxidative stress / periplasmic space / iron ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain ...: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Fe] / Superoxide dismutase [Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cooper, J.B. / Mcintyre, K. / Wood, S.P. / Zhang, Y. / Young, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: X-ray structure analysis of the iron-dependent superoxide dismutase from Mycobacterium tuberculosis at 2.0 Angstroms resolution reveals novel dimer-dimer interactions.
著者: Cooper, J.B. / McIntyre, K. / Badasso, M.O. / Wood, S.P. / Zhang, Y. / Garbe, T.R. / Young, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis of the Iron-Dependent Superoxide Dismutase from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Cooper, J.B. / Driessen, H.P.C. / Wood, S.P. / Zhang, Y. / Young, D.
履歴
登録1994年9月29日処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET SHEET SHEET_ID: EA, SHEET IN A SUBUNIT. N-CENTERED OVERHAND TOPOLOGY. SHEET_ID: EB, SHEET IN ...SHEET SHEET SHEET_ID: EA, SHEET IN A SUBUNIT. N-CENTERED OVERHAND TOPOLOGY. SHEET_ID: EB, SHEET IN B SUBUNIT. N-CENTERED OVERHAND TOPOLOGY. SHEET_ID: EC, SHEET IN C SUBUNIT. N-CENTERED OVERHAND TOPOLOGY. SHEET_ID: ED, SHEET IN D SUBUNIT. N-CENTERED OVERHAND TOPOLOGY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IRON SUPEROXIDE DISMUTASE
B: IRON SUPEROXIDE DISMUTASE
C: IRON SUPEROXIDE DISMUTASE
D: IRON SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4678
ポリマ－92,2434
非ポリマー2234
水11,818656
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13320 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.650, 85.400, 66.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 18 / 2: CIS PROLINE - PRO B 18 / 3: CIS PROLINE - PRO C 18 / 4: CIS PROLINE - PRO D 18

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要素

#1: タンパク質
IRON SUPEROXIDE DISMUTASE


分子量: 23060.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
参照: UniProt: P17670, UniProt: P9WGE7*PLUS, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細HETATMS 1001-1004 ARE PUTATIVE OH(-) IONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13 mg/mlenzyme1drop
223 %(w/v)PEG60001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 40396 / % possible obs: 80.4 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア名称: RESTRAIN / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
obs0.167 40396 80.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 4 656 6932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0050.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0190.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0080.017
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.030.05
ソフトウェア
*PLUS
名称: RESTRAIN / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 40396 / Rfactor all: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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