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- PDB-1idm: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE, LOOP-DELETED CHIMERA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idm
タイトル3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE, LOOP-DELETED CHIMERA
要素3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CHIMERA
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sakurai, M. / Ohzeki, M. / Moriyama, H. / Sato, M. / Tanaka, N.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of a loop-deleted variant of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus: an internal reprieve tolerance mechanism.
著者: Sakurai, M. / Ohzeki, M. / Miyazaki, K. / Moriyama, H. / Sato, M. / Tanaka, N. / Oshima, T.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1990
タイトル: Purification, Catalytic Properties and Thermal Stability of Threo-Ds-3-Isopropylmalate Dehydrogenase Coded by Leub Gene from an Extreme Thermophile, Thermus Thermophilus Strain Hb8
著者: Yamada, T. / Akutsu, N. / Miyazaki, K. / Kakinuma, K. / Yoshida, M. / Oshima, T.
履歴
登録1995年5月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4721
ポリマ－36,4721
非ポリマー00
水1,964109
1
A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9432
ポリマ－72,9432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area4260 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.450, 78.450, 158.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 141

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要素

#1: タンパク質 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH


分子量: 36471.656 Da / 分子数: 1 / 変異: LOOP-DELETED MUTANT, ARG 82 AND LYS 83 DELETED / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8
解説: HYBRID BETWEEN THERMUS IPMDH (332 RESIDUES) AND YEAST IPMDH (11 RESIDUES)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JA221
参照: UniProt: P00351, UniProt: Q5SIY4*PLUS, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.03 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: Sakurai, M., (1992) J.Biochem., 112, 173.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMpotassium phosphate1drop
31.0-2.0 Mammonium sulfate1reservoir
420 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 27190 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 44526 / Rmerge(I) obs: 0.0379

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
PROCESSデータ削減
精密化解像度: 2.2→5 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.17 --
obs0.17 20014 76 %
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 0 109 2679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.76
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.344
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.76
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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