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万見
- PDB-1idg: THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1idg
タイトルTHE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND AN 18MER COGNATE PEPTIDE
要素
  • ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN, ALPHA CHAIN
  • ALPHA-BUNGAROTOXIN
キーワードTOXIN / ALPHA-BUNGAROTOXIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ALPHA 1 SUBUNIT / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / CATION-PI INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / ion channel regulator activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / postsynaptic membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / Nicotinic acetylcholine receptor / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily ...Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / Nicotinic acetylcholine receptor / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Alpha-bungarotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Zeng, H. / Moise, L. / Grant, M.A. / Hawrot, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The solution structure of the complex formed between alpha-bungarotoxin and an 18-mer cognate peptide derived from the alpha 1 subunit of the nicotinic acetylcholine receptor from Torpedo californica.
著者: Zeng, H. / Moise, L. / Grant, M.A. / Hawrot, E.
履歴
登録2001年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-BUNGAROTOXIN
B: ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN, ALPHA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4302
ポリマ－10,4302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-BUNGAROTOXIN / LONG NEUROTOXIN 1


分子量: 8005.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
参照: UniProt: P60615
#2: タンパク質・ペプチド ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN, ALPHA CHAIN / NACHR-ALPHA1-SUBUNIT


分子量: 2424.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Torpedo californica (エイ) / プラスミド: PET-31B(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02710

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated TOCSY
1213D HNHA
1313D 15N-separated NOESY
1412D TOCSY
1512D NOESY
1612D 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: The chirality error is in THR 6 CB, OG1; ILE 11 CB, CG2; and THR 196 CB, OG1. There is no chirality error if MOLMOL is used to view the structure.

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試料調製

詳細内容: 2.1 mM alpha-Bungarotoxin/alpha18mer complex, alpha18mer is 15N labeled, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1Brukercollection
NMRPipe1.8Delaglio, F. et al.解析
Sparky3.95Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
CNSsolve1Brunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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