PDB-1icl: SOLUTION STRUCTURE OF DESIGNED BETA-SHEET MINI-PROTEIN TH1OX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1icl

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF DESIGNED BETA-SHEET MINI-PROTEIN TH1OX

要素

TH1OX

キーワード

DE NOVO PROTEIN / de novo protein design three-stranded beta-sheet mini-protein motif TH motif

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Ottesen, J.J. / Imperiali, B.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Design of a discretely folded mini-protein motif with predominantly beta-structure.
著者: Ottesen, J.J. / Imperiali, B.

履歴

登録	2001年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1icl.cif.gz	340.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1icl.ent.gz	286.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1icl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1icl_validation.pdf.gz	354.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1icl_full_validation.pdf.gz	536.5 KB	表示
XML形式データ	1icl_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	1icl_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/1icl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/1icl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ic9C 1icoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zjq-d 1lu8-d 1ic9-d 1lmr-d 1aqq-d 1aoo-d 2khu-d 6atm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TH1OX

3.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	38 / 57	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	TH1OX 分子量: 3254.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This protein was chemically synthesized.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細	Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 5mM TH1ox; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: unbuffered / pH: 4.6 / 圧: ambient / 温度: 288 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Felix	97	biosym	解析
Felix	95	biosym	データ解析
Discover	95	biosym	構造決定
Discover	95	biosym	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 370 distance restraints, generated from 497 experimental NOE crosspeaks. Angular constraints enforced planarity of the amide bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 57 / 登録したコンフォーマーの数: 38

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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