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万見
- PDB-1ice: STRUCTURE AND MECHANISM OF INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ice
タイトルSTRUCTURE AND MECHANISM OF INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME
要素
  • (INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME) x 2
  • TETRAPEPTIDE ALDEHYDE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CYTOKINE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / The IPAF inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / cytokine precursor processing ...caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / The IPAF inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / cytokine precursor processing / canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18 production / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / caspase binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Interleukin-1 processing / osmosensory signaling pathway / Interleukin-37 signaling / pattern recognition receptor signaling pathway / : / signaling receptor ligand precursor processing / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / The NLRP3 inflammasome / protein autoprocessing / protein maturation / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / kinase binding / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / microtubule / defense response to virus / endopeptidase activity / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site ...Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ac-Tyr-Val-Ala-Asp-Aldehyde / Caspase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wilson, K.P. / Griffith, J.P. / Kim, E.E. / Navia, M.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure and mechanism of interleukin-1 beta converting enzyme.
著者: Wilson, K.P. / Black, J.A. / Thomson, J.A. / Kim, E.E. / Griffith, J.P. / Navia, M.A. / Murcko, M.A. / Chambers, S.P. / Aldape, R.A. / Raybuck, S.A.
履歴
登録1994年9月29日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME
T: TETRAPEPTIDE ALDEHYDE
B: INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5463
ポリマ－29,5463
非ポリマー00
水61334
1
A: INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME
T: TETRAPEPTIDE ALDEHYDE
B: INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME

A: INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME
T: TETRAPEPTIDE ALDEHYDE
B: INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0926
ポリマ－59,0926
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area18110 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.400, 64.400, 163.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: LYS A 296 - ASP A 297 OMEGA = 109.96 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME


分子量: 18810.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#2: タンパク質・ペプチド TETRAPEPTIDE ALDEHYDE


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 476.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: Ac-Tyr-Val-Ala-Asp-Aldehyde
#3: タンパク質 INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTING ENZYME


分子量: 10258.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE DISULFIDE BOND BETWEEN CYS 136 AND CYS 363 REPORTED HERE IS OBSERVED IN SOME OF THE X-RAY DATA ...THE DISULFIDE BOND BETWEEN CYS 136 AND CYS 363 REPORTED HERE IS OBSERVED IN SOME OF THE X-RAY DATA SETS, BUT NOT ALL. THE TWO RESIDUES REMAIN ADJACENT TO ONE ANOTHER IN THOSE INSTANCES WHERE THE SIDE CHAINS ARE NOT POSITIONED TO FORM THE S-S BOND. THERE IS A COVALENT BOND BETWEEN ATOM SG OF CYS285A AND ATOM C OF ASA289T, FORMING A THIOHEMIACETAL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMcitrate1drop
32.0 mMDTT1drop
415 %PEG40001reservoir
5400 mM1reservoirLi2SO4
6200 mMsodium HEPES1reservoir
75 mMsodium cacodylate1reservoir
80.5 %beta-octyl glucoside1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.083

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→7 Å / σ(F): 1
詳細: THE ICE STRUCTURE WAS SOLVED WITH A TETRAPEPTIDE ALDEHYDE REPRESENTED BY CHAIN T COVALENTLY ATTACHED TO THE SULPHUR ATOM OF CYSTEINE 285.
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs0.19 9123
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2062 0 0 34 2096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.82
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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