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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ibu | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE D53,54N MUTANT OF HISTIDINE DECARBOXYLASE AT 25 C | |||||||||
要素 |
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キーワード | LYASE / HELIX DISORDER / LESS ACTIVE FORM / SITE-DIRECTED MUTANT / PYRUVOYL / CARBOXY-LYASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / L-histidine metabolic process / amino acid metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactobacillus sp. (乳酸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Worley, S. / Schelp, E. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2002 タイトル: Structure and cooperativity of a T-state mutant of histidine decarboxylase from Lactobacillus 30a. 著者: Worley, S. / Schelp, E. / Monzingo, A.F. / Ernst, S. / Robertus, J.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ibu.cif.gz | 180.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ibu.ent.gz | 144.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ibu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated by applying a crystallographic two-fold to the trimer in the asymmetric unit: -x, y, -z + 1/2 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8848.862 Da / 分子数: 3 / 断片: BETA CHAIN (RESIDUES 1-81) / 変異: D53N, D54N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. (乳酸菌) / 株: 30A / 遺伝子: HDCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00862, histidine decarboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 25285.375 Da / 分子数: 3 / 断片: ALPHA CHAIN (RESIDUES 82-310) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus sp. (乳酸菌) / 株: 30A / 遺伝子: HDCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00862, histidine decarboxylase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS (NI & PT) + NI FILTER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→10 Å / Num. all: 17480 / Num. obs: 17480 / % possible obs: 81.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / % possible all: 88.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / 冗長度: 3.3 % |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 3.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PYA 解像度: 3.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / Rfactor Rfree: 0.33 / Rfactor Rwork: 0.27 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |