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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ibm | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE THERMUS THERMOPHILUS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH A MESSENGER RNA FRAGMENT AND COGNATE TRANSFER RNA ANTICODON STEM-LOOP BOUND AT THE A SITE | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 30S RIBOSOMAL SUBUNIT / A SITE / DECODING / TRANSFER TRNA / ANTICODON / STEM-LOOP / MESSENGER RNA / MRNA / CODON | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 3.31 Å | ||||||
データ登録者 | Ogle, J.M. / Brodersen, D.E. / Clemons Jr., W.M. / Tarry, M.J. / Carter, A.P. / Ramakrishnan, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2001 タイトル: Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit. 著者: Ogle, J.M. / Brodersen, D.E. / Clemons Jr., W.M. / Tarry, M.J. / Carter, A.P. / Ramakrishnan, V. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: Structure of the 30S Ribosomal Subunit 著者: Wimberly, B.T. / Brodersen, D.E. / Clemons Jr., W.M. / Morgan-Warren, R. / Carter, A.P. / Vonrhein, C. / Hartsch, T. / Ramakrishnan, V. #2: ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: Functional Insights from the Structure of the 30S Ribosomal Subunit and its Interactions with Antibiotics 著者: Carter, A.P. / Clemons Jr., W.M. / Brodersen, D.E. / Wimberly, B.T. / Morgan-Warren, R. / Ramakrishnan, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ibm.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ibm.ent.gz | 940.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ibm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ibm_validation.pdf.gz | 714.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ibm_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ibm_validation.xml.gz | 161.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ibm_validation.cif.gz | 227.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 AXYZ
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1790.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 4815.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 1179.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV
#5: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: EMBL: 13446664, UniProt: P80371*PLUS |
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#6: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: EMBL: 13446666, UniProt: P80372*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373 |
#8: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291 |
#11: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: EMBL: 13446668, UniProt: P80374*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 4519421, UniProt: P80376*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 4519420, UniProt: P80377*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS |
#18: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS |
#19: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 12056104, UniProt: Q5SJH3*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: EMBL: 673503, UniProt: P0DOY7*PLUS |
#21: タンパク質 | 分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS |
#22: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS |
#23: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 11125386, UniProt: P80380*PLUS |
#24: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P32193, UniProt: Q5SIH3*PLUS |
-非ポリマー , 2種, 122分子
#25: 化合物 | ChemComp-MG / #26: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MPD, AMMONIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K, pH 6.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 詳細: Wimberly, B.T., (2000) Nature, 407, 327.,Trakhanov, S.D., (1987) FEBS Lett., 220, 319. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99187 / 波長: 0.99187 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.31→316.23 Å / Num. obs: 206478 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.69 % / Biso Wilson estimate: 68.8 Å2 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.31→3.43 Å / 冗長度: 2.53 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 93.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 968646 / Rmerge(I) obs: 0.122 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.6 % / Rmerge(I) obs: 0.654 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 3.31→316.23 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 立体化学のターゲット値: PROTEINS: ENGH & HUBER, RNA: PARKINSON AT AL.
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溶媒の処理 | Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.31→316.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.31→3.43 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5.02 % / Rfactor obs: 0.231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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