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- PDB-1ibj: Crystal structure of cystathionine beta-lyase from Arabidopsis th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ibj
タイトルCrystal structure of cystathionine beta-lyase from Arabidopsis thaliana
要素CYSTATHIONINE BETA-LYASE
キーワードLYASE / PLP-dependent enzyme / Methionine biosynthesis / Transsulfuration
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine biosynthetic process from L-homoserine via cystathionine / cysteine-S-conjugate beta-lyase activity / cysteine-S-conjugate beta-lyase / methionine metabolic process / transsulfuration / chloroplast stroma / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / molecular adaptor activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-lyase, eukaryotic / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Cystathionine beta-lyase, eukaryotic / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine beta-lyase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Breitinger, U. / Clausen, T. / Messerschmidt, A.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2001
タイトル: The three-dimensional structure of cystathionine beta-lyase from Arabidopsis and its substrate specificity
著者: Breitinger, U. / Clausen, T. / Ehlert, S. / Huber, R. / Laber, B. / Schmidt, F. / Pohl, E. / Messerschmidt, A.
履歴
登録2001年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTATHIONINE BETA-LYASE
C: CYSTATHIONINE BETA-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6917
ポリマ－100,9812
非ポリマー7105
水4,558253
1
A: CYSTATHIONINE BETA-LYASE
C: CYSTATHIONINE BETA-LYASE
ヘテロ分子

A: CYSTATHIONINE BETA-LYASE
C: CYSTATHIONINE BETA-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,38314
ポリマ－201,9624
非ポリマー1,42110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area23210 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area47230 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.750, 154.332, 118.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Two active dimers, related by 2-fold crystallographic symmetry, form the homotetramer.

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要素

#1: タンパク質 CYSTATHIONINE BETA-LYASE / CBL


分子量: 50490.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: PACBL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83/PACBL1 / 参照: UniProt: P53780, cystathionine beta-lyase
#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammonium sulfate, Mes-NaOH, PLP, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
30.01 mMPLP1drop
5100 mMMES/NaOH1reservoir
6300 mMammonium sulfate1reservoir
4reservoir solution1drop2 micro litter

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.83 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月25日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.83 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 108362 / Num. obs: 102185 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 39111 / Rsym value: 0.141 / % possible all: 81.6
反射
*PLUS
Num. obs: 37727 / Num. measured all: 102185
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGN

1qgn


解像度: 2.3→6 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3089 1891 -RANDOM
Rwork0.2487 ---
all0.255 43105 --
obs0.2495 37727 87.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.45 Å20 Å20 Å2
2--15.477 Å20 Å2
3----17.927 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5669 0 43 253 5965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.87
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.309 / Rfactor Rwork: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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