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- PDB-1ib9: SOLUTION STRUCTURE OF MCOTI-II, A MACROCYCLIC TRYPSIN INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ib9
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF MCOTI-II, A MACROCYCLIC TRYPSIN INHIBITOR
要素TRYPSIN INHIBITOR II
キーワードPLANT PROTEIN / Cyclic cystine knot / cyclotide / circular protein / beta-hairpin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I7, squash / Squash family serine protease inhibitor / Squash family of serine protease inhibitors signature. / Plant trypsin inhibitors / Proteinase/amylase inhibitor domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC KNOTTIN TRYPSIN INHIBITOR II / Trypsin inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Momordica cochinchinensis (植物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Felizmenio-Quimio, M.E. / Daly, N.L. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Circular proteins in plants: solution structure of a novel macrocyclic trypsin inhibitor from Momordica cochinchinensis.
著者: Felizmenio-Quimio, M.E. / Daly, N.L. / Craik, D.J.
履歴
登録2001年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 1.42022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN INHIBITOR II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4831
ポリマ－3,4831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50The submitted conformer models are those with the fewest number of restraint violations.
代表モデルモデル #17lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRYPSIN INHIBITOR II / MCOTI-II


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 抗菌剤, Antitumor / 分子量: 3483.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE PROTEIN IS ISOLATED FROM THE SEEDS USING SODIUM ACETATE.
由来: (天然) Momordica cochinchinensis (植物)
参照: UniProt: P82409, CYCLIC KNOTTIN TRYPSIN INHIBITOR II
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
131E-COSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM MCoTI-II, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XEASY1.3.7Eccles, Guntert, Billeter, and Wuthrichデータ解析
DYANA1.5Guntert, Mumenthaler, and Wuthrich構造決定
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 420 restraints, 383 are NOE-derived, 25 dihedral angle restraints and 12 from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are those with the fewest number of restraint violations.
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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