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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iaa | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES, SPECTROSCOPIC FEATURES, AND CATALYTIC PROPERTIES OF COBALT(II), COPPER(II), NICKEL(II), AND MERCURY(II) DERIVATIVES OF THE ZINC ENDOPEPTIDASE ASTACIN. A CORRELATION OF STRUCTURE AND PROTEOLYTIC ACTIVITY | ||||||
要素 | ASTACIN | ||||||
キーワード | ZINC ENDOPEPTIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity ...astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / cell adhesion / proteolysis / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Astacus astacus (甲殻類) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gomis-Rueth, F.-X. / Stoecker, W. / Bode, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Crystal structures, spectroscopic features, and catalytic properties of cobalt(II), copper(II), nickel(II), and mercury(II) derivatives of the zinc endopeptidase astacin. A correlation ...タイトル: Crystal structures, spectroscopic features, and catalytic properties of cobalt(II), copper(II), nickel(II), and mercury(II) derivatives of the zinc endopeptidase astacin. A correlation of structure and proteolytic activity. 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Grams, F. / Yiallouros, I. / Nar, H. / Kusthardt, U. / Zwilling, R. / Bode, W. / Stocker, W. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993 タイトル: Astacins, Serralysins, Snake Venom and Matrix Metalloproteinases Exhibit Identical Zinc-Binding Environments (Hexxhxxgxxh and met-Turn) and Topologies and Should be Grouped Into a ...タイトル: Astacins, Serralysins, Snake Venom and Matrix Metalloproteinases Exhibit Identical Zinc-Binding Environments (Hexxhxxgxxh and met-Turn) and Topologies and Should be Grouped Into a Common Family, the 'Metzincins' 著者: Bode, W. / Gomis-Rueth, F.-X. / Stoecker, W. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Structure of Astacin and Implications for Activation of Astacins and Zinc-Ligation of Collagenases 著者: Bode, W. / Gomis-Rueth, F.X. / Huber, R. / Zwilling, R. / Stoecker, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iaa.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iaa.ent.gz | 39.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iaa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1iaa_validation.pdf.gz | 355 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1iaa_full_validation.pdf.gz | 355 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1iaa_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1iaa_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1iaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1iaa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22617.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Astacus astacus (甲殻類) / 参照: UniProt: P07584, astacin |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: taken from Gomis-Ruth(1993). J. Mol. Biol., 229, 945-968. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 22.56 Å / Num. obs: 14832 / % possible obs: 89.9 % / Num. measured all: 25816 / Rmerge(I) obs: 0.0541 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.91 Å / 最低解像度: 2.02 Å / % possible obs: 44.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / Rfactor Rwork: 0.156 / Rfactor obs: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.156 / Rfactor Rwork: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.133 |