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- PDB-1i9y: CRYSTAL STRUCTURE OF INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE DOMAIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i9y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF INOSITOL POLYPHOSPHATE 5-PHOSPHATASE DOMAIN (IPP5C) OF SPSYNAPTOJANIN
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / IPP5C / inositol 5-phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-2,4,5-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-4,5,6-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-2,4,5,6-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5,6-pentakisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Clathrin-mediated endocytosis ...inositol-2,4,5-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-4,5,6-triphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-2,4,5,6-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,2,4,5,6-pentakisphosphate 5-phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / Clathrin-mediated endocytosis / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 5-phosphatase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / cell tip / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol dephosphorylation / cell division site / SH3 domain binding / protein transport / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAC domain / SacI homology domain / Sac phosphatase domain profile. / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family ...SAC domain / SacI homology domain / Sac phosphatase domain profile. / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tsujishita, Y. / Guo, S. / Stolz, L. / York, J.D. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Specificity determinants in phosphoinositide dephosphorylation: crystal structure of an archetypal inositol polyphosphate 5-phosphatase.
著者: Tsujishita, Y. / Guo, S. / Stolz, L.E. / York, J.D. / Hurley, J.H.
履歴
登録2001年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE PHOSPHATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0941
ポリマ－40,0941
非ポリマー00
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.967, 67.407, 51.443
Angle α, β, γ (deg.)90, 106.403, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE PHOSPHATASE / SYNAPTOJANIN


分子量: 40094.215 Da / 分子数: 1 / 断片: IPP5C DOMAIN, RESIDUES 534-880 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O43001
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 8
詳細: sodium chloride, tris, 2-mercaptoethanol, pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein11
2150 mM12NaCl
320 mMTris-HCl12
410 mMMPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル最高解像度: 2 Å / Rsym value: 16.1 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
Num. obs: 32930 / Num. measured all: 117178
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.161

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.225 -RANDOM
Rwork0.195 --
obs-31846 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2766 0 0 186 2952
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.94
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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