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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i9p | ||||||
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タイトル | CARBONIC ANHYDRASE II (F131V) COMPLEXED WITH 4-(AMINOSULFONYL)-N-[(2,4,6-TRIFLUOROPHENYL)METHYL]-BENZAMIDE | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE II | ||||||
キーワード | LYASE / Human Carbonic Anhydrase II / 4-(aminosulfonyl)-N-[(2 / 4 / 6-trifluorophenyl)methyl]-benzamide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, C.-Y. / Chandra, P.P. / Jain, A. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001 タイトル: Fluoroaromatic-fluoroaromatic interactions between inhibitors bound in the crystal lattice of human carbonic anhydrase II. 著者: Kim, C.Y. / Chandra, P.P. / Jain, A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING IS NOT SEQUENTIAL. RESIDUE 125 IS COVALENTLY BOUND TO RESIDUE 127. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i9p.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i9p.ent.gz | 48.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i9p_validation.pdf.gz | 447 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i9p_full_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i9p_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i9p_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/1i9p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29109.820 Da / 分子数: 1 / 変異: F131V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HG / |
#4: 化合物 | ChemComp-IOE / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: methyl mercuric acetate, tris-sulfate, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→20 Å / Num. all: 19532 / Num. obs: 16901 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.58 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 19532 / Num. measured all: 108937 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.92→20 Å / σ(I): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.29 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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