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- PDB-1i9g: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ADOMET DEPENDENT METHYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i9g
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ADOMET DEPENDENT METHYLTRANSFERASE
要素HYPOTHETICAL PROTEIN RV2118C
キーワードTRANSFERASE / mycobacterium / MTase / AdoMet / crystal / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / : / tRNA (m1A) methyltransferase complex / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / tRNA methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TrmI-like N-terminal / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold ...TrmI-like N-terminal / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI / tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Gupta, A. / Kumar, P.H. / Dineshkumar, T.K. / Varshney, U. / Subramanya, H.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of Rv2118c: an AdoMet-dependent methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis H37Rv.
著者: Gupta, A. / Kumar, P.H. / Dineshkumar, T.K. / Varshney, U. / Subramanya, H.S.
履歴
登録2001年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN RV2118C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5592
ポリマ－30,1611
非ポリマー3981
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HYPOTHETICAL PROTEIN RV2118C
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN RV2118C
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN RV2118C
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN RV2118C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2368
ポリマ－120,6424
非ポリマー1,5944
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area41130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.420, 86.790, 138.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN RV2118C


分子量: 30160.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: RV2118C / プラスミド: PQE60 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O33253, UniProt: P9WFZ1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-6 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
3300 mM1dropNaCl
45 mMAdoMet1drop
5100 mMsodium citrate1reservoir
650 mMlithium sulfate1reservoir
716-18 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→10 Å / Num. all: 70596 / Num. obs: 27574 / % possible obs: 98 % / Rsym value: 0.049
反射
*PLUS
% possible obs: 98 % / Num. measured all: 70596 / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
REFMAC精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.98→10 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.236 1411
Rwork0.205 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 27 165 2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.1
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.02
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.1
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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