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- PDB-1i7f: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HSP33 DOMAIN WITH CONSTITUTIVE CHAPERONE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HSP33 DOMAIN WITH CONSTITUTIVE CHAPERONE ACTIVITY
要素HEAT SHOCK PROTEIN 33
キーワードCHAPERONE / Hsp33 / redox sensitive molecular chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of unfolded protein / protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / response to oxidative stress / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
helix hairpin bin / Heat shock protein Hsp33, helix hairpin bin domain superfamily / Hsp33 domain / Hsp33 domain / Heat shock protein Hsp33 / Heat shock protein Hsp33, N-terminal / Heat shock protein Hsp33, C-terminal / Hsp33 protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Helix Hairpins ...helix hairpin bin / Heat shock protein Hsp33, helix hairpin bin domain superfamily / Hsp33 domain / Hsp33 domain / Heat shock protein Hsp33 / Heat shock protein Hsp33, N-terminal / Heat shock protein Hsp33, C-terminal / Hsp33 protein / 3-Layer(bab) Sandwich / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kim, S.-J. / Jeong, D.-G. / Chi, S.-W. / Lee, J.-S. / Ryu, S.-E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of proteolytic fragments of the redox-sensitive Hsp33 with constitutive chaperone activity
著者: Kim, S.J. / Jeong, D.G. / Chi, S.W. / Lee, J.S. / Ryu, S.E.
履歴
登録2001年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT SHOCK PROTEIN 33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1704
ポリマ－32,8851
非ポリマー2843
水27015
1
A: HEAT SHOCK PROTEIN 33
ヘテロ分子

A: HEAT SHOCK PROTEIN 33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3398
ポリマ－65,7712
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area10920 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.293, 77.293, 193.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 HEAT SHOCK PROTEIN 33


分子量: 32885.496 Da / 分子数: 1 / 断片: THE DOMAIN WITH CONSTITUTIVE CHAPERONE ACTIVITY / 変異: C141D, C239S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: HSP33 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6Y5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116-18 mg/mlprotein1drop
227-28 %(w/v)PEG80001reservoir
30.1 MHEPES-NaOH1reservoir
40.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→99 Å / Num. all: 75273 / Num. obs: 10156 / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 75273
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.348

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→99 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 -5% of all data
Rwork0.222 --
obs-9862 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 16 15 1816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 99 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.222 / Rfactor Rfree: 0.29
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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