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- PDB-1i7d: NONCOVALENT COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE III WITH AN 8-BAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i7d
タイトルNONCOVALENT COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE III WITH AN 8-BASE SINGLE-STRANDED DNA OLIGONUCLEOTIDE
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'
  • DNA TOPOISOMERASE III
キーワードISOMERASE/DNA / DNA topoisomerase / decatenating enzyme / protein-DNA complex / single-stranded DNA / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic replication fork / sequence-specific single stranded DNA binding / chromosome separation / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase III / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 ...DNA topoisomerase III / DNA topoisomerase 3-like, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA topoisomerase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Changela, A. / DiGate, R.J. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a complex of a type IA DNA topoisomerase with a single-stranded DNA molecule.
著者: Changela, A. / DiGate, R.J. / Mondragon, A.
履歴
登録2001年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'
A: DNA TOPOISOMERASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6544
ポリマ－76,5222
非ポリマー1322
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.011, 60.831, 125.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'


分子量: 2386.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA TOPOISOMERASE III


分子量: 74135.680 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y328F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HMS-83 / 遺伝子: TOPB / プラスミド: PET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P14294, DNA topoisomerase
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.3M ammonium sulfate, 0.8M sodium chloride, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2sodium chloride11
3sodium citrate11
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.3 M1reservoir
20.1 Msodium citrate1reservoir
30.8 M1reservoirNaCl
44 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9948 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.63 Å / Num. all: 296621 / Num. obs: 55797 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 9 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4129 / Rsym value: 20.7 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 296621
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D6M

1d6m


解像度: 2.05→29.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1962525.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Refinement done in CNS 1.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2823 5.1 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.233 55797 --
obs0.233 55797 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.73 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.69 Å20 Å2-5.46 Å2
2---11.79 Å20 Å2
3---16.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4933 158 6 332 5429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 466 5.1 %
Rwork0.301 8746 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIS_PEPTIDE.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.304 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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