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万見
- PDB-1i74: STREPTOCOCCUS MUTANS INORGANIC PYROPHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i74
タイトルSTREPTOCOCCUS MUTANS INORGANIC PYROPHOSPHATASE
要素PROBABLE MANGANESE-DEPENDENT INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase, probable / DHHA2 domain / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain ...Manganese-dependent inorganic pyrophosphatase, probable / DHHA2 domain / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Merckel, M.C. / Fabrichniy, I.P. / Goldman, A. / Lahti, R. / Salminen, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of Streptococcus mutans pyrophosphatase: a new fold for an old mechanism.
著者: Merckel, M.C. / Fabrichniy, I.P. / Salminen, A. / Kalkkinen, N. / Baykov, A.A. / Lahti, R. / Goldman, A.
履歴
登録2001年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The ligand names and their residue numbers in the PDB file are different from what is ...HETEROGEN The ligand names and their residue numbers in the PDB file are different from what is listed in the paper. Their correspondences are as follows: paper PDB file ----- --------- MN A 401 MN A 401 MN A 402 MN A 402 MG A 403 MG 403 SO4 A 404 SO4 404 SO4 A 405 SO4 405 HOH A 406 HOH 406 MN B 401 MN B 401 MN B 402 MN B 402 MG B 403 MG 1403 SO4 B 404 SO4 1404 SO4 B 405 SO4 1405 HOH B 406 HOH 1406

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE MANGANESE-DEPENDENT INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: PROBABLE MANGANESE-DEPENDENT INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,72412
ポリマ－67,0722
非ポリマー65310
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.600, 95.300, 95.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE MANGANESE-DEPENDENT INORGANIC PYROPHOSPHATASE / PYROPHOSPHATE PHOSPHO-HYDROLASE / PPASE


分子量: 33535.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68579, inorganic diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG MME 5000, (NH4)2(SO4), MgCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
142 mg/mlprotein1drop
2150 mMTris-HCl1drop
315 mM1dropMgCl2
430 %PEG5000 MME1reservoir
5100 mMMES-NaOH1reservoir
6200 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.9050, 0.9767, 0.9774
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月15日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9051
20.97671
30.97741
反射解像度: 2.2→19.76 Å / Num. all: 130000 / Num. obs: 38000 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.2→19.76 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
% possible obs: 99 % / Num. measured all: 130000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.76 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 3247 Random
Rwork0.209 --
all-32539 -
obs-32539 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4686 0 26 364 5076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 446 -
Rwork0.212 --
obs-4109 77.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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