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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i6t | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
![]() | INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() inorganic triphosphate phosphatase activity / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Samygina, V.R. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Avaeva, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structures of Escherichia coli inorganic pyrophosphatase complexed with Ca(2+) or CaPP(i) at atomic resolution and their mechanistic implications. 著者: Samygina, V.R. / Popov, A.N. / Rodina, E.V. / Vorobyeva, N.N. / Lamzin, V.S. / Polyakov, K.M. / Kurilova, S.A. / Nazarova, T.I. / Avaeva, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation:-y, x-y, z and -x+y, -x, z and y, x, -z and x-y, -y, -z and -x, -x+y, -z |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19585.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 263分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-POP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: NULL, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.906 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→20 Å / Num. all: 640235 / Num. obs: 640235 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.21 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1618 / Rsym value: 53.5 / % possible all: 90.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 51915 / Num. measured all: 640235 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1IGP 解像度: 1.2→12 Å / Num. parameters: 1487 / Num. restraintsaints: 1830 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 1247 / Occupancy sum non hydrogen: 1577 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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