ソフトウェア 名称 分類 d*TREKデータスケーリング HKL-2000データ削減 CNS精密化 d*TREKデータ削減 HKL-2000データスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 1.6→19.91 Å / Rfactor Rfree error : 0.004 / Data cutoff high absF : 1118618.24 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値 : CNS library詳細 : The Friedel pairs were used in phasing and refinement.Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2275 2506 5 % RANDOM Rwork 0.2142 - - - all - 96476 - - obs - 90306 93.6 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 40.26 Å2 / ksol : 0.406 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 12.5 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.63 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -1.53 Å2 0 Å2 3- - - 0.9 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.19 Å 0.19 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.05 Å 0.02 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.6→19.91 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2229 0 0 182 2411
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.5 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d21.8 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.75 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it2.82 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it3.23 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it4.18 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it4.94 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error : 0.011 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2289 380 4.6 % Rwork 0.2149 7807 - obs - - 98.2 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER_REP.PARAM
精密化 *PLUS
最低解像度 : 50 Å / σ(F) : 0 / % reflection Rfree : 5 % / Rfactor obs : 0.213 / Rfactor Rfree : 0.217 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
Biso mean : 12.5 Å2 拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg21.8 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.75 X-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it2.82 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it4.18 2 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it3.23 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it4.94 2.5
LS精密化 シェル *PLUS
% reflection Rfree : 4.6 %