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万見
- PDB-1i5w: A-DNA DECAMER GCGTA(TLN)ACGC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5w
タイトルA-DNA DECAMER GCGTA(TLN)ACGC
要素5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(TLN)P*AP*CP*GP*C)-3'
キーワードDNA / A-DNA decamer / locked ribonucleotide.
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Egli, M. / Minasov, G. / Teplova, M. / Kumar, R. / Wengel, J.
引用ジャーナル: J.Chem.Soc.,Chem.Commun. / 年: 2001
タイトル: X-ray crystal structure of a locked nucleic acid (LNA) duplex composed of a palindromic 10-mer DNA strand containing one LNA thymine monomer
著者: Egli, M. / Minasov, G. / Teplova, M. / Kumar, R. / Wengel, J.
履歴
登録2001年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(TLN)P*AP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(TLN)P*AP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1462
ポリマ－6,1462
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.140, 43.960, 45.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a duplex generated by the two fold axis.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(TLN)P*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 3073.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MPD, Spermine, KCl, Sodium Cacodylate, pH 6.0. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295 K, temperature 295.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2Sodium Cacodylate11
3Spermine11
4MPD11
5MPD12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.8 mMdecamer solution1drop
210 %MPD1drop
340 mMsodium cacodylate1drop
412 mMspermine tetrahydrochloride1drop
580 mMpotassium chloride1drop
635 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.93217 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月31日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93217 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 10950 / Num. obs: 10950 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 1038 / % possible all: 96.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A-DNA decamer

解像度: 1.4→17 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al. / 詳細: Maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 1036 9.7 %Random
Rwork0.167 ---
all-10660 --
obs-10660 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.542 Å20 Å20 Å2
2--2.174 Å20 Å2
3----0.632 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 416 0 128 544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.46
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.62
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.4-1.450.2828790.2589X-RAY DIFFRACTION100.941
1.45-1.510.23691060.2201X-RAY DIFFRACTION100.954
1.51-1.580.22711050.2036X-RAY DIFFRACTION100.965
1.58-1.660.19231060.1653X-RAY DIFFRACTION100.975
1.66-1.760.21111070.1627X-RAY DIFFRACTION100.984
1.76-1.90.1683900.1595X-RAY DIFFRACTION100.983
1.9-2.090.20621110.1728X-RAY DIFFRACTION100.991
2.09-2.390.18071080.1709X-RAY DIFFRACTION100.995
2.39-3.010.18271260.173X-RAY DIFFRACTION100.998
3.01-170.1307980.1497X-RAY DIFFRACTION100.998
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.46
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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