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- PDB-1i5g: TRYPAREDOXIN II COMPLEXED WITH GLUTATHIONYLSPERMIDINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5g
タイトルTRYPAREDOXIN II COMPLEXED WITH GLUTATHIONYLSPERMIDINE
要素TRYPAREDOXIN II
キーワードELECTRON TRANSPORT / tryparedoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity
類似検索 - 分子機能
: / TryX and NRX, thioredoxin domain / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONYLSPERMIDINE / protein-disulfide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Crithidia fasciculata (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hofmann, B. / Budde, H. / Bruns, K. / Guerrero, S.A. / Kalisz, H.M. / Menge, U. / Montemartini, M. / Nogoceke, E. / Steinert, P. / Wissing, J.B. ...Hofmann, B. / Budde, H. / Bruns, K. / Guerrero, S.A. / Kalisz, H.M. / Menge, U. / Montemartini, M. / Nogoceke, E. / Steinert, P. / Wissing, J.B. / Flohe, L. / Hecht, H.-J.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structures of tryparedoxins revealing interaction with trypanothione.
著者: Hofmann, B. / Budde, H. / Bruns, K. / Guerrero, S.A. / Kalisz, H.M. / Menge, U. / Montemartini, M. / Nogoceke, E. / Steinert, P. / Wissing, J.B. / Flohe, L. / Hecht, H.J.
履歴
登録2001年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPAREDOXIN II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7803
ポリマ－16,2241
非ポリマー5572
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.211, 50.510, 67.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRYPAREDOXIN II


分子量: 16223.512 Da / 分子数: 1 / 変異: C44S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crithidia fasciculata (真核生物) / 株: HS6 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O77093
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TS5 / GLUTATHIONYLSPERMIDINE / グルタチオニルスペルミジン


分子量: 434.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: PEG 8000, Mes Tris glutathionylspermidine, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
129 %PEG80001reservoirpH6.9
20.1MES/Tris1reservoir
30.1 Mammonium sulfate1drop
42.5 mMN1-glutathionylspermidine1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→28.87 Å / Num. all: 24911 / Num. obs: 24911 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 3735 / Rsym value: 0.077 / % possible all: 92.1
反射
*PLUS
Num. obs: 24680 / % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FG4

1fg4


解像度: 1.4→40.49 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1229 4.9 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.17 24911 --
obs0.1703 23682 87.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.075 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1147 0 37 279 1463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_d0.0131.098
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_d2.3981.789
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_d1.481
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_d2.292
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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