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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i4v | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF THE UMUD' HOMODIMER | ||||||
![]() | UMUD' PROTEIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / SOS response / SOS mutagenesis / DNA repair / DNA polymerase V / DNA polymerase accessory protein / LexA repressor / lambda CI / signal peptidase / serine-lysine dyad / autocatalytic cleavage / serine protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA polymerase V complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / serine-type peptidase activity / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair ...DNA polymerase V complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / serine-type peptidase activity / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / DNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Ferentz, A.E. / Walker, G.C. / Wagner, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Converting a DNA damage checkpoint effector (UmuD2C) into a lesion bypass polymerase (UmuD'2C). 著者: Ferentz, A.E. / Walker, G.C. / Wagner, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 358.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 744.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 128.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 163.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12308.985 Da / 分子数: 2 / 変異: G25A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P04153, UniProt: P0AG11*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 150 mM NaCl / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K | |||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |