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- PDB-1i43: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR PPCA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i43
タイトルCYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR PPCA
要素CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
キーワードLYASE / PLP-dependent enzyme / homotetramer / inhibitor complex / PPCA
機能・相同性
機能・相同性情報


plant cystathionine gamma-synthase / cystathionine gamma-synthase activity / transsulfuration / methionine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cystathionine gamma-synthase 1/2 / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Cystathionine gamma-synthase 1/2 / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 3-(PHOSPHONOMETHYL)PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / Cystathionine gamma-synthase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Steegborn, C. / Laber, B. / Messerschmidt, A. / Huber, R. / Clausen, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of cystathionine gamma-synthase inhibitor complexes rationalize the increased affinity of a novel inhibitor.
著者: Steegborn, C. / Laber, B. / Messerschmidt, A. / Huber, R. / Clausen, T.
履歴
登録2001年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
B: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
C: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
D: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
E: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
F: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
G: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
H: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
I: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
J: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
K: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
L: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)582,38736
ポリマ－576,81612
非ポリマー5,57124
水00
1
A: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
B: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
C: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
D: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,12912
ポリマ－192,2724
非ポリマー1,8578
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25040 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area46460 Å2
手法PISA
2
E: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
F: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
G: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
H: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,12912
ポリマ－192,2724
非ポリマー1,8578
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24990 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area46470 Å2
手法PISA
3
I: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
J: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
K: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
L: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,12912
ポリマ－192,2724
非ポリマー1,8578
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25000 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area46560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)309.600, 170.100, 162.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE


分子量: 48067.973 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: METB / プラスミド: PENCN1117 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZPL5, EC: 4.2.99.9
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-PMC / 3-(PHOSPHONOMETHYL)PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / 3-(ホスホノメチル)ピリジン-2-カルボン酸


分子量: 217.116 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8NO5P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MES, magnesium acetate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMMES-NaOH1reservoir
2200 mMmagnesium acetate1reservoir
310 %(w/v)PEG80001reservoir
410 mMTris-HCl1drop
50.010 mMPLP1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12911
22911
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年4月19日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 117473 / Num. obs: 117473 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): -100 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / % possible all: 64
反射
*PLUS
% possible obs: 78 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOLREP位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QGN

1qgn


解像度: 3.1→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.268 5930 RANDOM
Rwork0.236 --
all-117473 -
obs-117451 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36276 0 348 0 36624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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