+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i3m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MOLECULAR BASIS FOR SEVERE EPIMERASE-DEFICIENCY GALACTOSEMIA: X-RAY STRUCTURE OF THE HUMAN V94M-SUBSTITUTED UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE | ||||||
要素 | UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / epimerase galactosemia short-chain dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GALE causes EDG / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase activity / galactose catabolic process / Galactose catabolism / UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Wohlers, T.M. / Fridovich-Keil, J.L. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Molecular basis for severe epimerase deficiency galactosemia. X-ray structure of the human V94m-substituted UDP-galactose 4-epimerase. 著者: Thoden, J.B. / Wohlers, T.M. / Fridovich-Keil, J.L. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i3m.cif.gz | 173.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1i3m.ent.gz | 133.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i3m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i3m_validation.pdf.gz | 714 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1i3m_full_validation.pdf.gz | 737.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i3m_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i3m_validation.cif.gz | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/1i3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/1i3m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | the biological assembly is a homodimer composed of chains A & B |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38384.727 Da / 分子数: 2 / 変異: V94M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGALE / プラスミド: PPIC3.5KHGALE / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q14376, UDP-glucose 4-epimerase |
---|
-非ポリマー , 5種, 851分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 276 K / 手法: バッチ法 / pH: 6 詳細: PEG3400, MES, sodium chloride, magnesium chloride, NADH, UDP-GlcNAc, pH 6, batch, temperature 276K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: batch method / 詳細: used macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 107985 / Num. obs: 107985 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 34.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 9535 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS Num. obs: 9535 / Num. measured all: 107985 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdb entry 1EK6 解像度: 1.5→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.14 |