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- PDB-1i2p: CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI TRANSALDOLASE B MUTANT D17A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i2p
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI TRANSALDOLASE B MUTANT D17A
要素TRANSALDOLASE B
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase or transaldolase activity / transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / carbohydrate metabolic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transaldolase type 1 / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Thorell, S. / Jia, J. / Schneider, G.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Identification of catalytically important residues in the active site of Escherichia coli transaldolase.
著者: Schorken, U. / Thorell, S. / Schurmann, M. / Jia, J. / Sprenger, G.A. / Schneider, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Recombinant Transaldolase B from Escherichia coli
著者: Jia, J. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Schoerken, U. / Sahm, H. / Sprenger, G.A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Transaldolase B from Escherichia coli Suggests a Circular Permutation of the Alpha/beta Barrel Within the Class I Aldolase Family
著者: Jia, J. / Huang, W. / Schoerken, U. / Sahm, H. / Sprenger, G.A. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of the Reduced Schiff-base Intermediate Complex of Transaldolase B from Escherichia coli: Mechanistic Implications for Class I Aldolases
著者: Jia, J. / Schoerken, U. / Lindqvist, Y. / Sprenger, G.A. / Schneider, G.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2000
タイトル: The Three-dimensional Structure of Human Transaldolase
著者: Thorell, S. / Gergely Jr., P. / Banki, K. / Perl, A. / Schneider, G.
履歴
登録2001年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSALDOLASE B
B: TRANSALDOLASE B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1682
ポリマ－70,1682
非ポリマー00
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.381, 92.788, 131.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The dimer is generated with a symmetry molecule from one of the monomers in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 TRANSALDOLASE B


分子量: 35083.953 Da / 分子数: 2 / 変異: D17A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TALB / プラスミド: PGSJ451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LJ110 / 参照: UniProt: P0A870, transaldolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG 6000, sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding, Jia, J., (1996) Acta Crystallogr., Sect.D, 52, 192.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
211-13 %(w/w)PEG60001reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月29日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.5 Å / Num. all: 49932 / Num. obs: 49932 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3026 / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 458342
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1ONR

1onr


解像度: 2.05→28.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2298834.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2537 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 49929 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.33 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å20 Å20 Å2
2--4.17 Å20 Å2
3----7.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4934 0 0 304 5238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 366 4.7 %
Rwork0.298 7359 -
obs-7725 87.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor Rwork: 0.298 / Rfactor obs: 0.315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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