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- PDB-1i1w: 0.89A Ultra high resolution structure of a Thermostable Xylanase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1w
タイトル0.89A Ultra high resolution structure of a Thermostable Xylanase from Thermoascus Aurantiacus
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
キーワードHYDROLASE / XYLAN DEGRADATION / GLYCOSIDASE / ENZYME / ULTRA HIGH RESOLUTION / CRYO TEMPERATURE / 1 / 4-BETA-XYLAN XYLANOHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONE / ETHANOL / Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoascus aurantiacus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Natesh, R. / Ramakumar, S. / Viswamitra, M.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Thermostable xylanase from Thermoascus aurantiacus at ultrahigh resolution (0.89 A) at 100 K and atomic resolution (1.11 A) at 293 K refined anisotropically to small-molecule accuracy.
著者: Natesh, R. / Manikandan, K. / Bhanumoorthy, P. / Viswamitra, M.A. / Ramakumar, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure at 1.8 A Resolution and Proposed Amino Acid Sequence of a Thermostable Xylanase from Thermoascus Aurantiascus
著者: Natesh, R. / Bhanumoorthy, P. / Vithayathil, P.J. / Sekar, K. / Ramakumar, S. / Viswamitra, M.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Crystals of Thermoascus Aurantiacus Xylanase
著者: Viswamitra, M.A. / Bhanumoorthy, P. / Ramakumar, S. / Manjula, M.V. / Vithayathil, P.J. / Murthy, S.K. / Naren, A.P.
履歴
登録2001年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32014年6月4日Group: Non-polymer description
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,57223
ポリマ－32,8691
非ポリマー70322
水7,458414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.050, 66.990, 50.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE / XYLANASE / 1 / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE


分子量: 32868.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 株: STRAIN ISOLATED FROM LOCAL INDIAN SOIL / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase

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非ポリマー , 5種, 436分子

#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物 ChemComp-ACN / ACETONE / アセトン


分子量: 58.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
解説: STARTING MODEL WAS LOCALLY AVAILABLE INTERMEDIATE REFINED 1.11 A ROOM TEMPERATURE MODEL. THE STRANGE HETERO MOLECULES SEEN IN 0.89 A HIGH RESOLUTION MAPS, labelled as "UNX 1406 TO UNX 1410" ...解説: STARTING MODEL WAS LOCALLY AVAILABLE INTERMEDIATE REFINED 1.11 A ROOM TEMPERATURE MODEL. THE STRANGE HETERO MOLECULES SEEN IN 0.89 A HIGH RESOLUTION MAPS, labelled as "UNX 1406 TO UNX 1410" and "UNX 1411 TO UNX 1418", ARE YET TO BE IDENTIFIED. EOH AND ACN WERE ASSIGNED BASED ON UNRESTRAINED BOND LENGTH AND ANGLES.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Ammonium Sulphate, TRIS/HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Viswamitra, M.A., (1993) J.Mol.Biol., 232, 987.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 %protein1drop
210 %(w/v)PEG60001drop
350 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月3日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→35 Å / Num. obs: 177476 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 32.65
反射 シェル解像度: 0.89→0.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 7.82 / % possible all: 83
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å / % possible obs: 92 % / 冗長度: 4.8 % / Num. measured all: 858643
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 % / Rmerge(I) obs: 0.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000SUITEデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LOCALLY AVAILABLE INTERMEDIATE REFINED ROOM TEMP. 1.11 A MODEL

解像度: 0.89→10 Å / Num. parameters: 24867 / Num. restraintsaints: 1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: FINAL 18 CYCLES OF BLOCKED L.S. REFINEMENT (2 CYCLES ON EACH OF 9 BLOCKS) WAS PERFORMED USING SHELXL WITHOUT ANY RESTRAINS.
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: AS THE MOLECULE WAS REFINED WITH NO RESTRAINTS THE NON PLANARITY OF THE ARG 124 B CONFORMER AMIDE GROUP MAY NOT BE TAKEN AS TRUE SINCE THE PLANARITY RESTRAINTS WERE NOT IMPOSED TO THIS ...詳細: AS THE MOLECULE WAS REFINED WITH NO RESTRAINTS THE NON PLANARITY OF THE ARG 124 B CONFORMER AMIDE GROUP MAY NOT BE TAKEN AS TRUE SINCE THE PLANARITY RESTRAINTS WERE NOT IMPOSED TO THIS SPARCINGLY OCCUPIED DISORDERED ALTERNATE CONFORMER B. CNS 0.4 was also used for refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1061 1766 1 %RANDOM
Rwork0.09 ---
all-174690 --
obs--90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-
Refine analyzeNum. disordered residues: 51 / Occupancy sum hydrogen: 2125 / Occupancy sum non hydrogen: 2765.87
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.89→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2319 0 59 414 2792
LS精密化 シェル解像度: 0.89→0.92 Å
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor Rwork: 0.09
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.54
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg23.86
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg2.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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