[日本語] English
万見
- PDB-1i1g: CRYSTAL STRUCTURE OF THE LRP-LIKE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR FROM ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1g
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE LRP-LIKE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR FROM THE ARCHAEON PYROCOCCUS FURIOSUS
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix / Lrp/AsnC family / Pyrococcus furiosus / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / : / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain ...: / Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / : / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator LrpA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Leonard, P.M. / Smits, S.H.J. / Sedelnikova, S.E. / Brinkman, A.B. / de Vos, W.M. / van der Oost, J. / Rice, D.W. / Rafferty, J.B.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the Lrp-like transcriptional regulator from the archaeon Pyrococcus furiosus.
著者: Leonard, P.M. / Smits, S.H. / Sedelnikova, S.E. / Brinkman, A.B. / de Vos, W.M. / van der Oost, J. / Rice, D.W. / Rafferty, J.B.
履歴
登録2001年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). AT PRESENT IT IS UNCLEAR WHETHER THE BIOLOGICAL UNIT IS A DIMER OR OCTAMER. COORDINATES FOR A COMPLETE BIOLOGICAL DIMER CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS ONE AND FOUR LISTED IN REMARK 350 TO SUBUNIT A IN THE ASYMMETRIC UNIT, OR BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS ONE AND THREE TO SUBUNIT B. COORDINATES FOR A COMPLETE BIOLOGICAL OCTAMER CAN BE GENERATED BY APPLYING ALL FOUR BIOMT TRANSFORMATIONS TO SUBUNITS A AND B IN THE ASYMMETRIC UNIT.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8362
ポリマ－31,8362
非ポリマー00
水00
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3428
ポリマ－127,3428
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area27330 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area47810 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.318, 101.318, 245.361
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LRPA


分子量: 15917.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42180

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulphate, sodium citrate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
pH: 5.3 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Sedelnikova, S.E., (2001) Acta Crystallogr, D57, 886.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium acetate1droppH5.3
30.25 M1dropNaCl
42.4-3.6 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium citrate1reservoirpH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 13809 / Num. obs: 13809 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 73.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 30436
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.382 134 Random
Rwork0.313 --
all0.316 13354 -
obs0.316 12686 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 0 0 2138
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る