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- PDB-1i1f: Crystal structure of human class i mhc (hla-a2.1) complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i1f
タイトルCrystal structure of human class i mhc (hla-a2.1) complexed with beta 2-microglobulin and hiv-rt variant peptide i1y
要素
  • PROTEIN (BETA 2-MICROGLOBULIN)
  • PROTEIN (CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, GOGO-A0201 ALPHA CHAIN)
  • PROTEIN (HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1F (FLKEPVHGV))
キーワードIMMUNE SYSTEM / HUMAN CLASS I MHC / HIV
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / antibacterial humoral response / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kirksey, T.J. / Pogue-Caley, R.R. / Frelinger, J.A. / Collins, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The structural basis for the increased immunogenicity of two HIV-reverse transcriptase peptide variant/class I major histocompatibility complexes.
著者: Kirksey, T.J. / Pogue-Caley, R.R. / Frelinger, J.A. / Collins, E.J.
履歴
登録1999年4月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, GOGO-A0201 ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (BETA 2-MICROGLOBULIN)
C: PROTEIN (HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1F (FLKEPVHGV))
D: PROTEIN (CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, GOGO-A0201 ALPHA CHAIN)
E: PROTEIN (BETA 2-MICROGLOBULIN)
F: PROTEIN (HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1F (FLKEPVHGV))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5226
ポリマ－89,5226
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, GOGO-A0201 ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (BETA 2-MICROGLOBULIN)
C: PROTEIN (HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1F (FLKEPVHGV))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7613
ポリマ－44,7613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
2
D: PROTEIN (CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, GOGO-A0201 ALPHA CHAIN)
E: PROTEIN (BETA 2-MICROGLOBULIN)
F: PROTEIN (HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1F (FLKEPVHGV))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7613
ポリマ－44,7613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.574, 62.970, 74.559
Angle α, β, γ (deg.)82.09, 76.47, 77.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.91, 0.4146, 0.0008), (0.4146, 0.91, 0.0037), (0.0008, 0.0037, -1)
ベクター: 22.8431, -48.119, 39.2622)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, GOGO-A0201 ALPHA CHAIN) / HLA-A2.1


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPTIDE-BINDING DOMAIN + ALPHA3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN (BETA 2-MICROGLOBULIN)


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA 2-MICROGLOBULIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 PLYSS / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド PROTEIN (HIV-RT VARIANT PEPTIDE I1F (FLKEPVHGV)) / I1F


分子量: 1027.215 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 309-317 / Mutation: I1F / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 16% PEG8000 IN 25MM MES BUFFER, PH6.5. THE HANGING DROP WAS A 1:1 MIXTURE OF THE ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 16% PEG8000 IN 25MM MES BUFFER, PH6.5. THE HANGING DROP WAS A 1:1 MIXTURE OF THE RESERVOIR SOLUTION AND THE PROTEIN SOLUTION WHICH CONTAINED 10MG/ML PROTEIN IN 25MM MES BUFFER, PH6.5.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of 1:1 mixture of well and protein solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotease1drop
225 mMMES1drop
320 %PEG80001reservoir
425 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 21030 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 148065

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoREIN CCP4位相決定
REFMAC精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HHH

1hhh


解像度: 2.8→15 Å / SU B: 0.2 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.53
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 2102 8 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.274 18619 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6311 0 0 0 6311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0730.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.8112
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.0063
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.0462
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.5263
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0203
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1050.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2280.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.493
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg26.095
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg1.907

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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