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万見
- PDB-1hzv: DOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzv
タイトルDOMAIN SWING UPON HIS TO ALA MUTATION IN NITRITE REDUCTASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素NITRITE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / 8-bladed beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. ...C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME D / HEME C / NITRIC OXIDE / Nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Brown, K. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Domain swing upon His to Ala mutation in nitrite reductase of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Brown, K. / Roig-Zamboni, V. / Cutruzzola, F. / Arese, M. / Sun, W. / Brunori, M. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: The Nitrite Reductase from Pseudomonas aeruginosa: Essential Role of Two Active-site Histidines in the Catalytic and Structural Properties.
著者: Cutruzzola, F. / Brown, K. / Wilson, E.K. / Bellelli, A. / Arese, M. / Tegoni, M. / Cambillau, C. / Brunori, M.
履歴
登録2001年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5534
ポリマ－60,1921
非ポリマー1,3613
水5,945330
1
A: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1068
ポリマ－120,3842
非ポリマー2,7226
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)94.744, 94.744, 159.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-709-

HOH

21A-716-

HOH

31A-865-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NITRITE REDUCTASE


分子量: 60191.988 Da / 分子数: 1 / 変異: H369A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: NIRS / プラスミド: PNM185 (PEMBL18NR) / 発現宿主: Pseudomonas putida (バクテリア) / 株 (発現宿主): PAW340 / 参照: UniProt: P24474, EC: 1.9.3.2
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D


分子量: 712.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111.5 %PEG60001reservoir
20.2 Mimidazole malate1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1411.7389,1.7401,0.9918
シンクロトロンESRF ID14-220.9326
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2000年3月25日mirror
ADSC QUANTUM 42CCD2000年4月12日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1si 111MADMx-ray1
2si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.73891
21.74011
30.99181
40.93261
反射解像度: 2.8→28 Å / Num. all: 17823 / Num. obs: 17423 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1718 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 99.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.83→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1703480.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 841 4.8 %random
Rwork0.282 ---
all0.286 17823 --
obs0.286 17382 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.0148 Å2 / ksol: 0.232413 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 106.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.23 Å20 Å20 Å2
2--7.23 Å20 Å2
3----14.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.55 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4032 0 94 330 4456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.232.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.055 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.538 94 3.9 %
Rwork0.457 2290 -
obs-1659 79.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PAR_VILMOS.HEMTOP_VILMOS.HEM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.282
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 106.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.538 / % reflection Rfree: 3.9 % / Rfactor Rwork: 0.457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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