PDB-1hzt: CRYSTAL STRUCTURE OF METAL-FREE ISOPENTENYL DIPHOSPHATE:DIMETHYLA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hzt

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF METAL-FREE ISOPENTENYL DIPHOSPHATE:DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE ISOMERASE

要素

ISOPENTENYL DIPHOSPHATE DELTA-ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / isopentenyl / dimethylallyl / isoprenoids

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / DNA damage response / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Durbecq, V. / Sainz, G. / Oudjama, Y. / Clantin, B. / Bompard-Gilles, C. / Tricot, C. / Caillet, J. / Stalon, V. / Droogmans, L. / Villeret, V.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of isopentenyl diphosphate:dimethylallyl diphosphate isomerase.
著者: Durbecq, V. / Sainz, G. / Oudjama, Y. / Clantin, B. / Bompard-Gilles, C. / Tricot, C. / Caillet, J. / Stalon, V. / Droogmans, L. / Villeret, V.

履歴

登録	2001年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2001年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hzt.cif.gz	47.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hzt.ent.gz	33 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hzt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hzt_validation.pdf.gz	366.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hzt_full_validation.pdf.gz	367.5 KB	表示
XML形式データ	1hzt_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	1hzt_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/1hzt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/1hzt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hx3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jvh-2 5anv-d 4kg3-1 6jvp-2 5fsi-d 6jvj-1 6jvl-2 6jvo-2 5anu-d 7l6w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (7) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ISOPENTENYL DIPHOSPHATE DELTA-ISOMERASE

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.400, 71.400, 61.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	ISOPENTENYL DIPHOSPHATE DELTA-ISOMERASE / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE ISOMERASE 分子量: 21602.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: IDI / プラスミド: PYL20 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q46822, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ISOPENTENYL DIPHOSPHATE DELTA-ISOMERASE / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE ISOMERASE

分子量: 21602.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: IDI / プラスミド: PYL20 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q46822, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG2000 monomethylether, Tris, maleate, ammonium sulfate, glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

詳細: Oudjama, Y., (2001) Acta Crystallogr., 57, 287.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	7 mg/ml	protein	1	drop
2	10 %(w/v)	PEG2000 MME	1	reservoir
3	100 mM	Tris-maleate	1	reservoir
4	100 mM	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM14	1	0.97858, 0.97873
シンクロトロン	ESRF	ID14-2	2	0.9326

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2000年1月1日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2000年1月1日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97858	1
2	0.97873	1
3	0.9326	1

反射

B_iso Wilson estimate: 20.1 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
MLPHARE		位相決定
WARP		モデル構築
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.45→23.37 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1072282.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	1617	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.192	31943	97.9 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 86.9 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.98 Å²	0.98 Å²	0 Å²
2-	-	1.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.96 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.19 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.13 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1223	0	0	165	1388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.64
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.54 Å / R_factor R_free error: 0.016 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	274	5.2 %
R_work	0.269	5001	-
obs	-	-	97.6 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 5.1 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 23.2 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.64

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.267 / % reflection R_free: 5.2 % / R_factor R_work: 0.269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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