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万見
- PDB-1hzg: CRYSTAL STRUCTURE OF THE INACTIVE C866S MUTANT OF THE CATALYTIC D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE INACTIVE C866S MUTANT OF THE CATALYTIC DOMAIN OF E. COLI CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR 1
要素CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR 1
キーワードTOXIN / Beta Sandwich / Rho Deamidase / Rho Transglutaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell-cell junction
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic necrotizing factor 1 (CNF1) / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Domain of unknown function DUF4765 / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain superfamily / Rho-activating domain of cytotoxic necrotizing factor / Domain of unknown function (DUF4765) / Domain of unknown function DUF6543 / Dermonecrotic toxin, N-terminal domain / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic ...Cytotoxic necrotizing factor 1 (CNF1) / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Domain of unknown function DUF4765 / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain superfamily / Rho-activating domain of cytotoxic necrotizing factor / Domain of unknown function (DUF4765) / Domain of unknown function DUF6543 / Dermonecrotic toxin, N-terminal domain / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cytotoxic necrotizing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / Difference Fourier / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Buetow, L. / Flatau, G. / Chiu, K. / Boquet, P. / Ghosh, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the Rho-activating domain of Escherichia coli cytotoxic necrotizing factor 1.
著者: Buetow, L. / Flatau, G. / Chiu, K. / Boquet, P. / Ghosh, P.
履歴
登録2001年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8323
ポリマ－32,6421
非ポリマー1902
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.900, 54.900, 176.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR 1 / CNF1


分子量: 32642.375 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: C866S, L794P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: E-B35 / プラスミド: PET 28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47106
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium phosphate, potassium phosphate, 1,4-butandiol, HEPES, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.65 Msodium phosphate1reservoir
20.65 Mpotassium phosphate1reservoir
3100 mMHEPES1reservoir
45 %(v/v)1,4-butanediol1reservoir
52 mMdithiothreitol1reservoir
6150 mM1dropNaCl
720 mMTris1drop
82 mMdithiothreitol1drop
915 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-5 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月4日 / 詳細: Supper mirror
放射モノクロメーター: Supper mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→15 Å / Num. all: 25165 / Num. obs: 25142 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Difference Fourier
開始モデル: PDB Entry 1HQ0

1hq0


解像度: 1.86→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1444667.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used Maximum Likelihood Refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1241 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.2 ---
obs0.2 25152 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.38 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.36 Å22.61 Å20 Å2
2--3.36 Å20 Å2
3----6.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2260 0 10 157 2427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 166 4 %
Rwork0.258 4011 -
obs-4011 99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PHOSPHATE.PARAMPHOSPHATE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.198 / Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor Rwork: 0.258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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