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万見
- PDB-1hzd: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN AUH PROTEIN, AN RNA-BINDING HOMOLOGUE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hzd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN AUH PROTEIN, AN RNA-BINDING HOMOLOGUE OF ENOYL-COA HYDRATASE
要素AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE
キーワードLYASE / RNA-binding protein / enoyl-CoA hydratase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglutaconyl-CoA hydratase / itaconyl-CoA hydratase / methylglutaconyl-CoA hydratase activity / itaconyl-CoA hydratase activity / 3-methylglutaconic aciduria / L-leucine catabolic process / enoyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / fatty acid beta-oxidation / mRNA 3'-UTR binding ...methylglutaconyl-CoA hydratase / itaconyl-CoA hydratase / methylglutaconyl-CoA hydratase activity / itaconyl-CoA hydratase activity / 3-methylglutaconic aciduria / L-leucine catabolic process / enoyl-CoA hydratase activity / Branched-chain amino acid catabolism / fatty acid beta-oxidation / mRNA 3'-UTR binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylglutaconyl-CoA hydratase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kurimoto, K. / Fukai, S. / Nureki, O. / Muto, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of human AUH protein, a single-stranded RNA binding homolog of enoyl-CoA hydratase.
著者: Kurimoto, K. / Fukai, S. / Nureki, O. / Muto, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2001年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE
B: AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE
C: AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE
D: AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE
E: AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE
F: AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,4296
ポリマ－175,4296
非ポリマー00
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23950 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area59180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.13, 132.07, 80.04
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 108.14, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
AU-BINDING PROTEIN/ENOYL-COA HYDRATASE / AUH


分子量: 29238.154 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AUH / プラスミド: PGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13825, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, calcium acetate, sodium acetate, imidazole, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMsodium cacodylate1droppH6.5
29 %PEG80001drop
3100 mMcalcium acetate1drop
4100 mMsodium acetate1drop
510 mMimidazole1drop
6100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
718 %PEG80001reservoir
8200 mMcalcium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月17日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 76595 / Num. obs: 76595 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 16.994 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 2.673 / Num. unique all: 3601 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 236961
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.123

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DUB

1dub


解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh&Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 7679 10 %random
Rwork0.207 ---
all0.212 76592 --
obs0.212 68913 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.4512 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.755 Å20 Å2-1.677 Å2
2--6.47 Å20 Å2
3----0.715 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11973 0 0 309 12282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18733
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.302
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81863
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2875 755 10 %
Rwork0.2268 6511 -
obs--91.95 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.302
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81863
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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