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- PDB-1hyr: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MICA IN COMPLEX WITH NATURAL KILLER CE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hyr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MICA IN COMPLEX WITH NATURAL KILLER CELL RECEPTOR NKG2D
要素
  • MHC CLASS I CHAIN-RELATED PROTEIN A
  • NKG2-D TYPE II INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ACTIVATING NK CELL RECEPTOR / NKG2D / C-TYPE-LECTIN LIKE / MIC-A / MHC-I / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / gamma-delta T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity ...immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / gamma-delta T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / T cell costimulation / nitric oxide biosynthetic process / DAP12 interactions / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / DAP12 signaling / signaling receptor activity / response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / defense response to virus / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / DNA damage response / cell surface / signal transduction / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NKG2-D type II integral membrane protein / MHC class I polypeptide-related sequence A / MHC class I polypeptide-related sequence A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, P. / Strong, R.K.
引用
ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2001
タイトル: Complex structure of the activating immunoreceptor NKG2D and its MHC class I-like ligand MICA.
著者: Li, P. / Morris, D.L. / Willcox, B.E. / Steinle, A. / Spies, T. / Strong, R.K.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of the MHC Class I Homolog Mic-A, a Gammadelta T Cell Ligand
著者: Li, P. / Willie, S.T. / Bauer, S. / Morris, D.L. / Spies, T. / Strong, R.K.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: ACTIVATION OF NK CELLS AND T CELLS BY NKG2D, A RECEPTOR FOR STRESS INDUCIBLE MICA
著者: Bauer, S. / Groh, V. / Wu, J. / Steinle, A. / Phillips, J.H. / Lanier, L.L. / Spies, T.
履歴
登録2001年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NKG2-D TYPE II INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN
A: NKG2-D TYPE II INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN
C: MHC CLASS I CHAIN-RELATED PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4313
ポリマ－63,4313
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.780, 122.780, 101.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

#1: タンパク質 NKG2-D TYPE II INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / NKG2D


分子量: 15849.903 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (RESIDUES 80 TO 216) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CELL SURFACE / 遺伝子: NKG2D / プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26718
#2: タンパク質 MHC CLASS I CHAIN-RELATED PROTEIN A / MIC-A / MIC / PERB11


分子量: 31731.434 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (RESIDUES 1 TO 274) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA-001 / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9TQ92, UniProt: Q29983*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: (NH4)2SO4, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.5 mg/mlprotein1drop
225 mMPIPES1drop
31 mMEDTA1drop
40.02 %1dropNaN3
50.4 Mammonium sulfate1reservoir
650 mMMES1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211.11.1
シンクロトロンALS 5.0.220.9794, 0.9795, 0.9567
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.11
30.97941
40.97951
50.95671
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 256599 / Num. obs: 21938 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 66.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2150 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 256599 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 185946.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1553 7.4 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.227 21938 --
obs0.227 21108 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.93 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.43 Å20 Å20 Å2
2---5.43 Å20 Å2
3---10.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4263 0 0 46 4309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 243 7.5 %
Rwork0.346 2981 -
obs--90.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.4 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 59.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.397 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rwork: 0.346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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