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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hyp | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROPHOBIC PROTEIN FROM SOYBEAN; A MEMBER OF A NEW CYSTINE-RICH FAMILY | ||||||
要素 | HYDROPHOBIC PROTEIN FROM SOYBEAN疎水性 | ||||||
キーワード | HYDROPHOBIC SEED PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Hydrophobic seed protein domain / Hydrophobic seed protein / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Hydrophobic seed protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Glycine max (ダイズ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lehmann, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of hydrophobic protein from soybean; a member of a new cysteine-rich family. 著者: Baud, F. / Pebay-Peyroula, E. / Cohen-Addad, C. / Odani, S. / Lehmann, M.S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystallographic Data for Soybean Hydrophobic Protein 著者: Lehmann, M.S. / Pebay-Peyroula, E. / Cohen-Addad, C. / Odani, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hyp.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hyp.ent.gz | 20.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hyp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/1hyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/1hyp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8363.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 参照: UniProt: P24337 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.19 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 4943 / % possible obs: 78 % / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 72 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.187 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 4647 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.187 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |