PDB-1hx8: CRYSTAL STRUCTURE OF N-TERMINAL DOMAIN OF DROSOPHILA AP180

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hx8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF N-TERMINAL DOMAIN OF DROSOPHILA AP180

要素

SYNAPSE-ENRICHED CLATHRIN ADAPTOR PROTEIN LAP

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / all alpha / alpha helices repeats / coiled-coil / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / phototaxis / Clathrin-mediated endocytosis / neuron-neuron synaptic transmission / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / 1-phosphatidylinositol binding / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mao, Y. / Chen, J. / Maynard, J.A. / Zhang, B. / Quiocho, F.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: A novel all helix fold of the AP180 amino-terminal domain for phosphoinositide binding and clathrin assembly in synaptic vesicle endocytosis.
著者: Mao, Y. / Chen, J. / Maynard, J.A. / Zhang, B. / Quiocho, F.A.

履歴

登録	2001年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hx8.cif.gz	118.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hx8.ent.gz	92.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hx8_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hx8_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	1hx8_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	1hx8_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/1hx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dvp
類似構造データ	2qv8-d 3e1z-d 3o65-3 2anr-d 2jf3-d 1rpk-d 4m3k-d 3qla-d 4w4j-2 2ann-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SYNAPSE-ENRICHED CLATHRIN ADAPTOR PROTEIN LAP

B: SYNAPSE-ENRICHED CLATHRIN ADAPTOR PROTEIN LAP

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SYNAPSE-ENRICHED CLATHRIN ADAPTOR PROTEIN LAP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SYNAPSE-ENRICHED CLATHRIN ADAPTOR PROTEIN LAP

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.632, 106.933, 79.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	SYNAPSE-ENRICHED CLATHRIN ADAPTOR PROTEIN LAP 分子量: 33647.914 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-299) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: LAP / プラスミド: PGEX4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9VI75
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.55 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG MME 5000, amonium sulphate 0.2M, MES 0.1M, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

pH: 5.5
詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	1 mM	dithiothreitol	1	drop
3	50 mM	citrate	1	drop
4	30 %	mPEG5000	1	reservoir
5	200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
6	100 mM	MES	1	reservoir

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.9793, 0.9788, 0.9712

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月24日 / 詳細: KOHZU double crystal monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9788	1
3	0.9712	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 38772 / Num. obs: 274148 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.07 % / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 33

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 3893 / R_sym value: 33.7 / % possible all: 100

反射

*PLUS

Num. obs: 38772 / Num. measured all: 274148

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→26 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	1807	-	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
all	0.221	38986	-	-
obs	0.221	36413	93.4 %	-

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.32 Å	0.26 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.21 Å	0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4230	0	10	192	4432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	19.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.92

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	19.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.92

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