[日本語] English
万見
- PDB-1hx4: MOLECULAR TOPOLOGY OF POLYCYCLIC AROMATIC CARCINOGENS DETERMINES ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hx4
タイトルMOLECULAR TOPOLOGY OF POLYCYCLIC AROMATIC CARCINOGENS DETERMINES DNA ADDUCT CONFORMATION: A LINK TO TUMORIGENIC ACTIVITY
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / 1R-trans-anti-BPh-N2-G adduct / carcinogen-dna adduct / benzo[c]phenanthrene dna adduct
機能・相同性Chem-BPJ / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, relaxation matrix refinements, energe minimization
データ登録者Patel, D.J. / Lin, C.H. / Geacintov, N.E. / Broyde, S. / Huang, X. / Kolbanovskii, A. / Hingerty, B.E. / Amin, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Molecular topology of polycyclic aromatic carcinogens determines DNA adduct conformation: a link to tumorigenic activity.
著者: Lin, C.H. / Huang, X. / Kolbanovskii, A. / Hingerty, B.E. / Amin, S. / Broyde, S. / Geacintov, N.E. / Patel, D.J.
履歴
登録2001年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9893
ポリマ－6,7082
非ポリマー2801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 9structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 3254.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized from ABI-DNA Synthesizer
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3454.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized from ABI-DNA Synthesizer
#3: 化合物 ChemComp-BPJ / (1R)-1,2,3,4-TETRAHYDRO-BENZO[C]PHENANTHRENE-2,3,4-TRIOL / 1R-TRANS-ANTI-BENZO[C]PHENANTHRENE


分子量: 280.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121P-COSY
1311H-31P HSQC
NMR実験の詳細Text: D2O NMR experiments were performed at 13 degree C, H2O NMR experiments were performed at 4 degree C

-
試料調製

詳細内容: 1R-trans-anti-BPh (carcinogen) covalently bound to 11mer DNA duplex
溶媒系: aqueous solution
試料状態イオン強度: 0.10 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002
Varian INOVAVarianINOVA4003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Varian Associates Inc.解析
Felixfelix2000MSIデータ解析
X-PLOR3.1Brunger, A. T.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, relaxation matrix refinements, energe minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: Nonexchangeable interproton distance restraints were obtained from the buildup of NOE cross peak volumes in NOESY data sets (55, 100, 150 and 200 ms mixing times) on the 1S-(-)-trans-anti- ...詳細: Nonexchangeable interproton distance restraints were obtained from the buildup of NOE cross peak volumes in NOESY data sets (55, 100, 150 and 200 ms mixing times) on the 1S-(-)-trans-anti-(BPh)G*C and the 1R-(+)-trans-anti-(BPh)G*C 11-mer DNA duplex adducts in D2O buffer at 23 and 18 sC, respectively, and bounds were set between 15% and 25% of the calculated distances using the fixed cytidine H5-H6 reference distance of 2.45 . Non-stereospecific assignments were treated with r-6 averaging. Interproton distance restraints involving exchangeable protons of the same complex were obtained from NOESY spectra (90 and 150 ms mixing times) in H2O buffer at 4 sC with bounds set between 20% and 25% of the calculated distance using the thymine imino to adenine H2 reference distance of 2.91 across an A*T base pair.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 9 / 登録したコンフォーマーの数: 9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る