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万見
- PDB-1hwl: COMPLEX OF THE CATALYTIC PORTION OF HUMAN HMG-COA REDUCTASE WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hwl
タイトルCOMPLEX OF THE CATALYTIC PORTION OF HUMAN HMG-COA REDUCTASE WITH ROSUVASTATIN (FORMALLY KNOWN AS ZD4522)
要素HMG-COA REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / coenzyme A metabolic process / peroxisomal membrane ...hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / coenzyme A metabolic process / peroxisomal membrane / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of protein secretion / NADPH binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / long-term synaptic potentiation / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / PPARA activates gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
HMGR, N-terminal domain / HMGR, N-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. ...HMGR, N-terminal domain / HMGR, N-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2 / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-FBI / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / difference fourier / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Istvan, E.S. / Deisenhofer, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Structural mechanism for statin inhibition of HMG-CoA reductase.
著者: Istvan, E.S. / Deisenhofer, J.
履歴
登録2001年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMG-COA REDUCTASE
B: HMG-COA REDUCTASE
C: HMG-COA REDUCTASE
D: HMG-COA REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,30211
ポリマ－200,0864
非ポリマー3,2167
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28550 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area49710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.432, 172.512, 79.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.36, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HMG-COA REDUCTASE / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A REDUCTASE / HYDROXYMETHYLGLUTARYL-COA REDUCTASE


分子量: 50021.523 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC PORTION / 変異: M485I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMGCR / プラスミド: PGEX-CS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA
参照: UniProt: P04035, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-FBI / 7-[4-(4-FLUORO-PHENYL)-6-ISOPROPYL-2-(METHANESULFONYL-METHYL-AMINO)-PYRIMIDIN-5-YL] -3,5-DIHYDROXY-HEPTANOIC ACID / ROSUVASTATIN


分子量: 483.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30FN3O6S / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: microseeding / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, ammonium acetate, glycerol, DTT, Hepes, Microseeding, pH 7.5 at 294 K, microseeding
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: batch method / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13-5 mg/mlprotein11
212-15 %(w/v)PEG400011
30.15-0.2 Mammonium acetate11
425 mMsodium HEPES11
550 mMdithiothreitol11
610 mMADP11
710 %glycerol11

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11301
21231
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.111.1
シンクロトロンCHESS F120.942
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2000年5月4日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年7月2日mirror
放射モノクロメーター: horizontally bent Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.9421
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 101858 / Num. obs: 101858 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4532 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: difference fourier
開始モデル: pdb entry 1dqa

1dqa


解像度: 2.1→43.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2376841.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ncs-restraints were used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2006 2 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all-101733 --
obs-101733 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.16 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å213.25 Å2
2---4.08 Å20 Å2
3---2.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11764 0 213 182 12159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.087
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.652.5
Refine LS restraints NCSWeight Biso : 5 / Weight position: 250
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 329 2.1 %
Rwork0.329 15422 -
obs--91 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ADP_PAR:ADP.PARAMADP_PAR:ADP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5FBI_PAR:FBI.PARAMFBI_PAR:FBI.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 2 % / Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 55.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.314 / % reflection Rfree: 2.1 % / Rfactor Rwork: 0.329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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