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万見
- PDB-1hw5: THE CAP/CRP VARIANT T127L/S128A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hw5
タイトルTHE CAP/CRP VARIANT T127L/S128A
要素CATABOLITE GENE ACTIVATOR
キーワードGENE REGULATION / cAMP Receptor Protein / Catabolite Activator Protein (CAP) Transcription / Allostery / cAMP / cyclic AMP Mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / cAMP binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Chu, S.Y. / Tordova, M. / Gilliland, G.L. / Gorshkova, I. / Shi, Y.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The structure of the T127L/S128A mutant of cAMP receptor protein facilitates promoter site binding
著者: Chu, S.Y. / Tordova, M. / Gilliland, G.L. / Gorshkova, I. / Shi, Y. / Wang, S. / Schwarz, F.P.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The Structure of a CAP-DNA Complex Having Two cAMP Molecules Bound To Each Monomer
著者: Passner, J.M. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of a Complex of Catabolite Gene Activator Protein and Cyclic AMP Refined at 2.5 A Resolution
著者: Weber, I.T. / Steitz, T.A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: Crystal Structure of a Cyclic AMP-independent Mutant of Catabolite Gene Activator Protein
著者: Weber, I.T. / Gilliland, G.L. / Harman, J.G. / Peterkofsky, A.
履歴
登録2001年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATABOLITE GENE ACTIVATOR
B: CATABOLITE GENE ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3255
ポリマ－47,3372
非ポリマー9883
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.1, 93.1, 104.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The dimer in the asymmetric unit is the biological unit

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要素

#1: タンパク質 CATABOLITE GENE ACTIVATOR / CAMP RECEPTOR PROTEIN


分子量: 23668.494 Da / 分子数: 2 / 変異: T127L, S128A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CRP/CAP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P0ACJ8
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: PEG 4K, isoprotanol, cAMP, HEPES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110.8 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.2 mMEDTA1drop
45 %(v/v)glycerol1drop
50.5 M1dropKCl
60.2 mMdithiothreitol1drop
710 %(w/v)PEG40001reservoir
87 %(v/v)isopropanol1reservoir
910 mMcAMP1reservoir
100.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年3月12日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→20 Å / Num. all: 38054 / Num. obs: 177444 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.82→20 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. obs: 38054 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.7 % / Num. measured all: 177444

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GAP

3gap
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.82→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3 1875 Random
Rwork0.227 --
obs0.228 38054 -
all-36380 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 66 216 3604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.265
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0253
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / Rfactor Rfree: 0.3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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