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- PDB-1hvu: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hvu
タイトルHUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH A 33-BASE NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT
要素
  • (PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)) x 2
  • RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
キーワードTRANSFERASE/RNA / COMPLEX (NUCLEOTIDYLTRANSFERASE-RNA) / HYDROLASE / ASPARTYL PROTEASE / ENDONUCLEASE / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.75 Å
データ登録者Jaeger, J. / Restle, T. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: The structure of HIV-1 reverse transcriptase complexed with an RNA pseudoknot inhibitor.
著者: Jaeger, J. / Restle, T. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Comparison of Three Different Crystal Forms Shows HIV-1 Reverse Transcriptase Displays an Internal Swivel Motion
著者: Jaeger, J. / Smerdon, S.J. / Wang, J. / Boisvert, D.C. / Steitz, T.A.
履歴
登録1998年6月30日処理サイト: NDB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
F: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
I: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
L: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
A: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
B: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
D: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
G: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
J: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
E: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
H: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
K: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,02312
ポリマ－492,02312
非ポリマー00
水00
1
C: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
A: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
B: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0063
ポリマ－123,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
D: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
E: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0063
ポリマ－123,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
G: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
H: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0063
ポリマ－123,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
L: RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
J: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
K: PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0063
ポリマ－123,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.700, 169.200, 331.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.50, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999974, -0.00041, 0.007119), (0.000339, -0.99995, -0.009924), (0.007123, -0.009921, 0.999925)250.608, 83.544, -0.266
2given(-0.99917, -0.018436, -0.036317), (-0.016739, 0.998778, -0.046499), (0.03713, -0.045853, -0.998257)213.728, 47.958, 157.815
3given(0.999501, 0.019618, -0.024731), (0.018563, -0.998936, -0.042204), (-0.025532, 0.041724, -0.998802)44.997, 44.282, 162.608
詳細THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IS A HETERODIMER CONSISTING OF TWO SUBUNITS: P66 (CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B) IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES PLUS FOUR RNA MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. THE COORDINATES FOR ONE COMPLEX ARE CONTAINED IN THIS ENTRY. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW ARE BASED ON THE BEST SUPERPOSITION OF THIS MOLECULE ON THE OTHER THREE HETERODIMER COMPLEXES. THE TRANSFORMATIONS MATRICES IN THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AMONG THE FOUR HETERODIMERS OF REVERSE TRANSCRIPTASE FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD COORDINATES FOR THE OTHER THREE MOLECULES PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: RNA鎖
RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)


分子量: 9638.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量: 63834.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IS A HETERODIMER CONSISTING OF TWO SUBUNITS: P66 (CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B) IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES ...詳細: THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IS A HETERODIMER CONSISTING OF TWO SUBUNITS: P66 (CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B) IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES PLUS FOUR RNA MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. THE COORDINATES FOR ONE COMPLEX ARE CONTAINED IN THIS ENTRY. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW ARE BASED ON THE BEST SUPERPOSITION OF THIS MOLECULE ON THE OTHER THREE HETERODIMER COMPLEXES.
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / Variant: BH10 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#3: タンパク質
PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量: 49532.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IS A HETERODIMER CONSISTING OF TWO SUBUNITS: P66 (CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B) IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES ...詳細: THE HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IS A HETERODIMER CONSISTING OF TWO SUBUNITS: P66 (CHAIN A) AND P51 (DESIGNATED CHAIN B) IN THIS CRYSTAL FORM THERE ARE FOUR REVERSE TRANSCRIPTASE MOLECULES PLUS FOUR RNA MOLECULES PER ASYMMETRIC UNIT. THE COORDINATES FOR ONE COMPLEX ARE CONTAINED IN THIS ENTRY. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW ARE BASED ON THE BEST SUPERPOSITION OF THIS MOLECULE ON THE OTHER THREE HETERODIMER COMPLEXES.
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / Variant: BH10 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1BIS-TRIS-PROPANE11
2HEXA-B-D-GLYCOPYRANOSIDE11
3(NH4)2SO411
4GLYCEROL11
5NAN311
6DIOXANE11
7SODIUM CITRATE12
8MAGNESIUM ACETATE12
9IOXANE12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.0 Mcitrate1reservoir
250 mMbis-Tris-propane1reservoir
3100 mMammonium sulfate1reservoir
41
51
61
71
81
91

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1995年3月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.75→30 Å / Num. obs: 32343 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.064
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56.9 % / Rmerge(I) obs: 0.263

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4/Oモデル構築
X-PLOR3.853精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HVT AND 1HMV

3hvt

1hmv


解像度: 4.75→30 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1.1
詳細: RIGID BODY REFINEMENT ONLY DUE TO LIMITED RESOLUTION. THE FOLLOWING RESIDUES ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS, THEREFORE THEY ARE NOT INCLUDED IN THE COORDINATE LIST. CHAIN B: 212 - 234, 428 - 440.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.413 -5.5 %RANDOM
Rwork0.34 ---
obs0.34 32343 --
原子変位パラメータBiso mean: 55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18864 2552 0 0 21416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.853 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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