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- PDB-1hus: RIBOSOMAL PROTEIN S7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hus
タイトルRIBOSOMAL PROTEIN S7
要素RIBOSOMAL PROTEIN S7
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / DECODING CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS7
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD WITH SE-MET MUTANT / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hosaka, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Ribosomal protein S7: a new RNA-binding motif with structural similarities to a DNA architectural factor.
著者: Hosaka, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Harada, N. / Sano, K. / Kimura, M. / Yao, M. / Wakatsuki, S.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Study of the Ribosomal Protein S7 from Bacillus Stearothermophilus
著者: Harada, N. / Sano, K. / Kimura, M. / Hosaka, H. / Nakagawa, A. / Tanaka, I.
履歴
登録1997年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2301
ポリマ－18,2301
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.400, 131.020, 29.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 18230.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
細胞株: BL21 / 遺伝子: S7 / プラスミド: BL21 / 遺伝子 (発現宿主): S7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) LYSS / 参照: UniProt: P22744
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 8.2
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M NA HEPES BUFFER(PH8.2) WITH 4%(V/V) 2-PROPANOL AND 2.0M AMMONIUM SULFATE.
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Msodium HEPES11
24 %(v/v)2-propanol11
32.0 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.90007
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: COLLIMATING AND FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 7586 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 18.7 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 92.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 53236
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: MAD WITH SE-MET MUTANT / 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REFMAC (G.N.MURSHUDOV ET AL.) WAS ALSO USED DURING THE REFINEMENT CYCLE. PARAMETERS OF SE-MET WAS DERIVED FROM THOSE OF METHIONINE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 715 9.8 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 7305 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1120 0 0 25 1145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it8.231.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it10.572
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it11.452
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it16.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 81 9.5 %
Rwork0.353 769 -
obs--93.3 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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