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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1huc | ||||||
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タイトル | THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY | ||||||
![]() | (CATHEPSIN B) x 2 | ||||||
![]() | THIOL PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cathepsin B / peptidase inhibitor complex / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Collagen degradation / decidualization ...cathepsin B / peptidase inhibitor complex / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Collagen degradation / decidualization / collagen catabolic process / cysteine-type peptidase activity / epithelial cell differentiation / collagen binding / MHC class II antigen presentation / proteolysis involved in protein catabolic process / melanosome / peptidase activity / regulation of apoptotic process / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Musil, D. / Bode, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The refined 2.15 A X-ray crystal structure of human liver cathepsin B: the structural basis for its specificity. 著者: Musil, D. / Zucic, D. / Turk, D. / Engh, R.A. / Mayr, I. / Huber, R. / Popovic, T. / Turk, V. / Towatari, T. / Katunuma, N. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 386.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 400.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ASN B 113 - GLY B 114 OMEGA = 210.44 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO B 138 / 3: CIS PROLINE - PRO D 138 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.019, -0.0043, -0.9998), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS *A* AND *B* WHEN APPLIED TO CHAINS *C* AND *D*, RESPECTIVELY. | |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5213.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 22437.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor obs: 0.164 / 最高解像度: 2.1 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.164 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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