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- PDB-1hsw: LYSOZYME (MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMYL HYDROLASE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hsw
タイトルLYSOZYME (MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMYL HYDROLASE)
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / ENZYME-ORTHORHOMBIC 88% R.H. FORM
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sukumar, N. / Biswal, B.K. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structures of orthorhombic lysozyme grown at basic pH and its low-humidity variant.
著者: Sukumar, N. / Biswal, B.K. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Protein Hydration and Water Structure: X-Ray Analysis of a Closely Packed Protein Crystal with Very Low Solvent Content
著者: Madhusudan / Kodandapani, R. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Refinement of Triclinic Lysozyme. II. The Method of Stereochemically Restrained Least-Squares
著者: Ramanadham, M. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Low Humidity Tetragonal Lysozyme at 2.1-A Resolution. Variability in Hydration Shell and its Structural Consequences
著者: Kodandapani, R. / Suresh, C.G. / Vijayan, M.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982
タイトル: The Structures of the Monoclinic and Orthorhombic Forms of Hen Egg-White Lysozyme at 6 Angstroms Resolution
著者: Artymiuk, P.J. / Blake, C.C.F. / Rice, D.W. / Wilson, K.S.
履歴
登録1998年6月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.496, 55.387, 68.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME / MUCOPEPTIDE N-ACETYLMURAMYL HYDROLASE / HEN EGG-WHITE LYSOZYME


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CRYSTAL STRUCTURE AT 88% RELATIVE HUMIDITY FORM I LYSOZYME
由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.9 %
結晶化pH: 9.6 / 詳細: pH 9.6
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 38.3 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown / pH: 9.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13 %(w/v)protein11
22 %(w/v)11NaClpH9.3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月11日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 7683 / % possible obs: 92.13 % / 冗長度: 4.65 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0571 / Net I/σ(I): 26.93
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 4.19 / % possible all: 90.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 35416

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE ORTHORHOMBIC FORM

解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 278 5.2 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 5320 64.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 136 1137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.64
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.121.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.222
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.82
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.085 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 17 3.4 %
Rwork0.387 485 -
obs--37.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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