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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hsh | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (HIV) II PROTEASE COMPLEXED WITH L-735,524, AN ORALLY BIOAVAILABLE INHIBITOR OF THE HIV PROTEASES | ||||||
![]() | HIV-II PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (ACID PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chen, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure at 1.9-A resolution of human immunodeficiency virus (HIV) II protease complexed with L-735,524, an orally bioavailable inhibitor of the HIV proteases. 著者: Chen, Z. / Li, Y. / Chen, E. / Hall, D.L. / Darke, P.L. / Culberson, C. / Shafer, J.A. / Kuo, L.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ILE A 15 - GLU A 16 OMEGA = 249.95 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: GLU A 16 - GLY A 17 OMEGA = 211.98 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: GLU A 37 - LEU A 38 OMEGA = 210.03 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10728.337 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ROD ISOLATE 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04584, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | L-735,524 IS N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-5-[(2(S)- TERTIARY- BUTYLAMINOCARBONYL)-4(3- ...L-735,524 IS N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-5-[(2(S)- TERTIARY- BUTYLAMINO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % | ||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: other | ||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.194 / Rfactor obs: 0.194 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 22768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |