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万見
- PDB-1hry: THE 3D STRUCTURE OF THE HUMAN SRY-DNA COMPLEX SOLVED BY MULTID-DI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hry
タイトルTHE 3D STRUCTURE OF THE HUMAN SRY-DNA COMPLEX SOLVED BY MULTID-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND-FILTERED NMR
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*C)-3')
  • HUMAN SRY
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA / SRY / DNA-BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / male sex determination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding ...positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / male sex determination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SRY / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Sex-determining region Y protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Clore, G.M. / Werner, M.H. / Huth, J.R. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Molecular basis of human 46X,Y sex reversal revealed from the three-dimensional solution structure of the human SRY-DNA complex.
著者: Werner, M.H. / Huth, J.R. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1995年5月9日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*C)-3')
A: HUMAN SRY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3613
ポリマ－14,3613
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量: 2404.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 2448.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#3: タンパク質 HUMAN SRY


分子量: 9508.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / キーワード: POLYPEPTIDE / 参照: UniProt: Q05066

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE 3D STRUCTURE OF THE HUMAN SRY-DNA COMPLEX SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 1805 EXPERIMENTAL RESTRAINTS: (A) INTRA-PROTEIN: 290 SEQUENTIAL (|I- ...Text: THE 3D STRUCTURE OF THE HUMAN SRY-DNA COMPLEX SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 1805 EXPERIMENTAL RESTRAINTS: (A) INTRA-PROTEIN: 290 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 221 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 107 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUES. 238 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 70 DISTANCE RESTRAINTS FOR 35 HYDROGEN BONDS; 153 TORSION ANGLE (71 PHI, 10 PSI, 56 CHI1 AND 16 CHI2) RESTRAINTS; 56 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 145 (73 CALPHA AND 72 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS. (B) INTRA-DNA: 206 INTRARESIDUE, 96 SEQUENTIAL INTRASTRAND, 36 INTERSTRAND INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 40 H-BOND RESTRAINTS; 72 TORSION ANGLE RESTRAINTS (FOR ALPHA, BETA, GAMMA, EPSILON AND ZETA BACKBONE TORSION ANGLES. (C) INTERMOLECULAR: 75 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NUMBER OF ATOMS USED IN REFINEMENT. NUMBER OF PROTEIN ATOMS 644 NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS 322 NUMBER OF HETEROGEN ATOMS 0 NUMBER OF SOLVENT ATOMS 0 THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE ...詳細: NUMBER OF ATOMS USED IN REFINEMENT. NUMBER OF PROTEIN ATOMS 644 NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS 322 NUMBER OF HETEROGEN ATOMS 0 NUMBER OF SOLVENT ATOMS 0 THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN. RESON. SERIES B 104, 99 - 103) AND CARBON CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS (KUSZEWSKI ET AL. (1995) MAGN. RESON. SERIES B 106, 92 - 96). THE 3D STRUCTURE OF THE HUMAN SRY-DNA COMPLEX SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 1805 EXPERIMENTAL RESTRAINTS: (A) INTRA-PROTEIN: 290 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 221 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 107 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUES. 238 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 70 DISTANCE RESTRAINTS FOR 35 HYDROGEN BONDS; 153 TORSION ANGLE (71 PHI, 10 PSI, 56 CHI1 AND 16 CHI2) RESTRAINTS; 56 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 145 (73 CALPHA AND 72 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS. (B) INTRA-DNA: 206 INTRARESIDUE, 96 SEQUENTIAL INTRASTRAND, 36 INTERSTRAND INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 40 H-BOND RESTRAINTS; 72 TORSION ANGLE RESTRAINTS (FOR ALPHA, BETA, GAMMA, EPSILON AND ZETA BACKBONE TORSION ANGLES. (C) INTERMOLECULAR: 75 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS THE STRUCTURE IN THIS ENTRY IS THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE. THE LAST COLUMN REPRESENTS THE RMS OF THE 35 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE 35 INDIVIDUAL STRUCTURES CAN BE FOUND IN PDB ENTRY 1HRZ. THE LAST COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES HAS NO MEANING.
NMR constraintsNA other-angle constraints total count: 72 / NOE constraints total: 1805 / NOE intraresidue total count: 444 / NOE long range total count: 107 / NOE medium range total count: 221 / NOE sequential total count: 386 / Hydrogen bond constraints total count: 40 / Protein chi angle constraints total count: 72 / Protein other angle constraints total count: 271 / Protein phi angle constraints total count: 71 / Protein psi angle constraints total count: 10
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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