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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hr8 | ||||||
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タイトル | Yeast Mitochondrial Processing Peptidase beta-E73Q Mutant Complexed with Cytochrome C Oxidase IV Signal Peptide | ||||||
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![]() | HYDROLASE / HxxEH zinc-binding motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / endopeptidase activator activity / proton transmembrane transport ...mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / : / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / endopeptidase activator activity / proton transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taylor, A.B. / Smith, B.S. / Kitada, S. / Kojima, K. / Miyaura, H. / Otwinowski, Z. / Ito, A. / Deisenhofer, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of mitochondrial processing peptidase reveal the mode for specific cleavage of import signal sequences. 著者: Taylor, A.B. / Smith, B.S. / Kitada, S. / Kojima, K. / Miyaura, H. / Otwinowski, Z. / Ito, A. / Deisenhofer, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 630.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 517.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 52532.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PTRC99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 48894.039 Da / 分子数: 4 / Mutation: E73Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PTRC99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 OPQR
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2862.421 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 2-25 / 由来タイプ: 合成 詳細: The 24 residue peptide of CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE IV was synthesized using standard solid-phase Fmoc synthesis methodology 参照: UniProt: P04037, cytochrome-c oxidase |
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-非ポリマー , 3種, 10分子 ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 134234 / Num. obs: 134234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 820094 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ID 1HR6 解像度: 2.7→48.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 6298765.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood Function
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.8593 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.63 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 1.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 58.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.328 / % reflection Rfree: 1.4 % / Rfactor Rwork: 0.303 |