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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hr7 | ||||||
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タイトル | Yeast Mitochondrial Processing Peptidase beta-E73Q Mutant | ||||||
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![]() | HYDROLASE / HxxEH zinc-binding motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial processing peptidase complex / mitochondrial processing peptidase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / endopeptidase activator activity / metalloendopeptidase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taylor, A.B. / Smith, B.S. / Kitada, S. / Kojima, K. / Miyaura, H. / Otwinowski, Z. / Ito, A. / Deisenhofer, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of mitochondrial processing peptidase reveal the mode for specific cleavage of import signal sequences. 著者: Taylor, A.B. / Smith, B.S. / Kitada, S. / Kojima, K. / Miyaura, H. / Otwinowski, Z. / Ito, A. / Deisenhofer, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 679.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 551.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52532.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PTRC99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 48894.039 Da / 分子数: 4 / Mutation: E73Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PTRC99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.943 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 157316 / Num. obs: 157316 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 97.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 753141 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ID 1HR6 解像度: 2.55→47.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3699853.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood Function
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.155 Å2 / ksol: 0.342299 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→47.53 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 1.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 59.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.367 / % reflection Rfree: 1.3 % / Rfactor Rwork: 0.34 |