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- PDB-1hr2: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A MUTANT P4-P6 DOMAIN (DELC209) OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hr2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A MUTANT P4-P6 DOMAIN (DELC209) OF TETRAHYMENA THEMOPHILA GROUP I INTRON.
要素P4-P6 DELC209 MUTANT RNA RIBOZYME DOMAIN
キーワードRNA / P4-P6 / C209 / RIBOZYME / TETRAHYMENA / GROUP I INTRON / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Juneau, K. / Podell, E.R. / Harrington, D.J. / Cech, T.R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structural basis of the enhanced stability of a mutant ribozyme domain and a detailed view of RNA--solvent interactions.
著者: Juneau, K. / Podell, E. / Harrington, D.J. / Cech, T.R.
#1: ジャーナル: RNA / 年: 1999
タイトル: In-Vitro Selection of RNAs With Increased Tertiary Structure Stability
著者: Juneau, K. / Cech, T.R.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of a Group I Ribozyme Domain: Principles of RNA Packing
著者: Cate, J.H. / Gooding, A.R. / Podell, E. / Zhou, K. / Golden, B.L. / Kundrot, C.E. / Cech, T.R. / A Doudna, J.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Metal-binding Sites in the Major Groove of a Large Ribozyme Domain
著者: Cate, J.H. / Doudna, J.A.
#4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: A Magnesium Ion Core at the Heart of a Ribozyme Domain
著者: Cate, J.H. / Hanna, R.L. / Doudna, J.A.
履歴
登録2000年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P4-P6 DELC209 MUTANT RNA RIBOZYME DOMAIN
B: P4-P6 DELC209 MUTANT RNA RIBOZYME DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,20444
ポリマ－102,1832
非ポリマー1,02142
水4,774265
1
A: P4-P6 DELC209 MUTANT RNA RIBOZYME DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,67525
ポリマ－51,0911
非ポリマー58324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P4-P6 DELC209 MUTANT RNA RIBOZYME DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,52919
ポリマ－51,0911
非ポリマー43718
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.300, 125.400, 145.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 P4-P6 DELC209 MUTANT RNA RIBOZYME DOMAIN


分子量: 51091.352 Da / 分子数: 2 / 変異: DELETION OF C209 / 由来タイプ: 合成
詳細: The RNA was prepared by transcription with T7 RNA polymerase
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, magnesium chloride, sodium cacodylate, spermine, sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MgCl211
3sodium cacodylate11
4spermine11
5NaCl11
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃
詳細: drop is set up using 2:8:5 ratio of solutions a, b and c
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1250 mMpotassium cacodylate1dropsolution a
2200 mM1dropsolution aMgCl2
32.5 mMspermine1dropsolution a
44 mg/mlP4-P6 RNA1dropsolution b
563 mMpotassium cacodylate1dropsolution b
613 mM1dropsolution bMgCl2
70.16 mMcobalt hexammine1dropsolution b
80.1 mMEDTA1dropsolution b
920-25 %(w/v)MPD1dropsolution c
1017 %(w/v)MPD1reservoir
11170 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月24日 / 詳細: W16 wiggler
放射モノクロメーター: single crystal, cylindrically bent
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 64900 / Num. obs: 64900 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6463 / Rsym value: 57.8 / % possible all: 99.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1gid

1gid


解像度: 2.25→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996).
詳細: used maximum likelihood function as implemented by CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3017 -used the same Rfree reflection set as was used for 1gid which was then extended to include a random (10%) selection of the newly observed reflections.
Rwork0.244 ---
all-66170 --
obs-60667 91.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.601 Å20 Å20 Å2
2---31.573 Å20 Å2
3---17.972 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6741 181 126 7048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010535
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.50534
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.98629
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.16594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.390.50924330.5018X-RAY DIFFRACTION83.4
2.39-2.580.44345250.4233X-RAY DIFFRACTION87.4
2.58-2.830.37234770.3475X-RAY DIFFRACTION93
2.83-3.240.28785510.2618X-RAY DIFFRACTION97.1
3.24-4.090.25825340.2278X-RAY DIFFRACTION97.8
4.09-300.20424970.1932X-RAY DIFFRACTION90.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0105
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.99
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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