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- PDB-1hqs: CRYSTAL STRUCTURE OF ISOCITRATE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SUBTILIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hqs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ISOCITRATE DEHYDROGENASE FROM BACILLUS SUBTILIS
要素ISOCITRATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / glyoxylate bypass / BsIDH / tricarboxylic acid cycle / protein phosphorylation / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / S-1,2-PROPANEDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Singh, S.K. / Matsuno, K. / LaPorte, D.C. / Banaszak, L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis isocitrate dehydrogenase at 1.55 A. Insights into the nature of substrate specificity exhibited by Escherichia coli isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase.
著者: Singh, S.K. / Matsuno, K. / LaPorte, D.C. / Banaszak, L.J.
履歴
登録2000年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN Cys118 from both monomers have been modified with beta-mercaptoethanol.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
B: ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,00611
ポリマ－93,0892
非ポリマー9179
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10180 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area31240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.690, 73.290, 80.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ISOCITRATE DEHYDROGENASE / OXALOSUCCINATE DECARBOXYLASE


分子量: 46544.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: CITC / プラスミド: PKM14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KME44 / 参照: UniProt: P39126, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 23% PEG 4000, 18% propylene glycol, 0.1 M citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17.9 mg/mlprotein1drop
2100 mMcitrate1reservoirpH4.9
323 %PEG40001reservoir
418 %propylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月6日 / 詳細: vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: Sagitally focusing crystal/double crystal monochromator Si-111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→99 Å / Num. all: 244628 / Num. obs: 114797 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.13 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.67 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Num. unique all: 6004 / % possible all: 46.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. measured all: 244628

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ICD

3icd


解像度: 1.55→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used bulk-solvent correction. Citrate is bound in the active site of both monomers. However, the O5 and O6 atoms of the citrate bound in monomer B (res. number 825) have been set to zero to ...詳細: Used bulk-solvent correction. Citrate is bound in the active site of both monomers. However, the O5 and O6 atoms of the citrate bound in monomer B (res. number 825) have been set to zero to account for a small negative peak (-3.4sigma) that appeared on them late in refinement. There are 23 pairs of water molecules less than 2.5-A apart enveloped in electron density that resembles a peanut shell or dumbbell. Their occupancies have been set to 0.5. In addition, there are 3 sets of water triplets less than 2.5-A apart enveloped in electron density that resembles a boomerang. Their occupancies have been set to 0.33. All 55 of these waters are appended at the end of the coordinate file. There is no visible electron density beyond the beta-carbon of Met1, Gln3, and Asn11 in monomer A. Their side chains were generated in O using the most common rotamers and their occupancies have been set to 0.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 5507 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all-109218 --
obs-109218 92.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6776 0 61 608 7445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.772
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.462.5
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 704 5.4 %
Rwork0.326 12224 -
obs--66.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3cyc.paramCYC.TOPPAR
X-RAY DIFFRACTION4prgR.paramPRGR.TOPPAR
X-RAY DIFFRACTION5prgS.paramPRGS.TOPPAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.324 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor Rwork: 0.326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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