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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hq8 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE MURINE NK CELL-ACTIVATING RECEPTOR NKG2D AT 1.95 A | ||||||
![]() | NKG2-D | ||||||
![]() | APOPTOSIS / homodimer / cis-proline | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding ...positive regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / nitric oxide biosynthetic process / kinase binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of type II interferon production / signaling receptor activity / carbohydrate binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wolan, D.W. / Teyton, L. / Rudolph, M.G. / Villmow, B. / Bauer, S. / Busch, D.H. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the murine NK cell-activating receptor NKG2D at 1.95 A. 著者: Wolan, D.W. / Teyton, L. / Rudolph, M.G. / Villmow, B. / Bauer, S. / Busch, D.H. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, 1/2-y, z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14114.836 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.65 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NaCl, Na-Cit., PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 13874 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1361 / % possible all: 97.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 13874 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % / Num. unique obs: 1361 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.44 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.326 / % reflection Rfree: 9.6 % / Rfactor Rwork: 0.293 / Rfactor obs: 0.293 |