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- PDB-1hq8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MURINE NK CELL-ACTIVATING RECEPTOR NKG2D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hq8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MURINE NK CELL-ACTIVATING RECEPTOR NKG2D AT 1.95 A
要素NKG2-D
キーワードAPOPTOSIS / homodimer / cis-proline
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / nitric oxide biosynthetic process ...negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / nitric oxide biosynthetic process / kinase binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate binding / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NKG2-D type II integral membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wolan, D.W. / Teyton, L. / Rudolph, M.G. / Villmow, B. / Bauer, S. / Busch, D.H. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the murine NK cell-activating receptor NKG2D at 1.95 A.
著者: Wolan, D.W. / Teyton, L. / Rudolph, M.G. / Villmow, B. / Bauer, S. / Busch, D.H. / Wilson, I.A.
履歴
登録2000年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NKG2-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1151
ポリマ－14,1151
非ポリマー00
水1,38777
1
A: NKG2-D

A: NKG2-D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2302
ポリマ－28,2302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.860, 85.190, 87.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, 1/2-y, z

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要素

#1: タンパク質 NKG2-D


分子量: 14114.836 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O54709
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NaCl, Na-Cit., PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17 mg/mlprotein1drop
22.3 M1reservoirNaCl
30.15 Msodium citrate1reservoirpH6.5
45 %PEG4001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 13874 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1361 / % possible all: 97.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 13874
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 % / Num. unique obs: 1361

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→27.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 6848118.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1340 10.2 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 13099 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.44 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---6.16 Å20 Å2
3---6.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数986 0 0 77 1063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.652.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 188 9.6 %
Rwork0.293 1762 -
obs--85 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.326 / % reflection Rfree: 9.6 % / Rfactor Rwork: 0.293 / Rfactor obs: 0.293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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