PDB-1hoe: CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION, REFINEMENT AND THE MOLECULAR MOD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hoe

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION, REFINEMENT AND THE MOLECULAR MODEL OF THE ALPHA-AMYLASE INHIBITOR HOE-467A

要素

ALPHA-AMYLASE INHIBITOR

キーワード

GLYCOSIDASE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-amylase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces tendae (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pflugrath, J.W. / Wiegand, G. / Huber, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystal structure determination, refinement and the molecular model of the alpha-amylase inhibitor Hoe-467A.
著者: Pflugrath, J.W. / Wiegand, G. / Huber, R. / Vertesy, L.

履歴

登録	1989年1月27日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1989年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hoe.cif.gz	24.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hoe.ent.gz	16.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hoe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hoe_validation.pdf.gz	363.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hoe_full_validation.pdf.gz	363.9 KB	表示
XML形式データ	1hoe_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	1hoe_validation.cif.gz	4.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1hoe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/1hoe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ait-d 1cb9-d 1ok0-d 1hra-d 1ryq-d 4kiv-d 3alr-4 2js9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-AMYLASE INHIBITOR

7.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.600, 40.600, 26.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ALPHA-AMYLASE INHIBITOR 分子量: 7967.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア) 参照: UniProt: P01092
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.49 %

結晶化

*PLUS

手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	10-20 mg/ml	protein	1	1
2	0.3 M	sodium chloride	1	2

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 4441 / Num. measured all: 11213 / R_merge(I) obs*: 0.057

-
解析

ソフトウェア

名称: EREF / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2→8 Å /

	R_factor	反射数
R_work	0.199	-
obs	-	3778

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	558	0	0	23	581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	o_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	o_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	o_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_deg	1.909
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	o_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	o_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	o_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	o_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	o_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	o_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	o_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	o_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	o_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	o_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	o_scangle_it

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.199 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 3778

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: o_angle_d

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)